108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3840 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
280 aa  545  1e-154  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  34.59 
 
 
288 aa  122  9e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  34.3 
 
 
283 aa  102  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  35.06 
 
 
283 aa  96.7  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.26 
 
 
629 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.46 
 
 
284 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  35.23 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.28 
 
 
630 aa  74.7  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  29.04 
 
 
635 aa  73.6  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.45 
 
 
633 aa  73.2  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  42.86 
 
 
271 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.18 
 
 
631 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.98 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.73 
 
 
632 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  36.04 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.18 
 
 
631 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  40.32 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  33.9 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  39.02 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.37 
 
 
624 aa  69.3  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  35.25 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.33 
 
 
630 aa  68.9  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  33.79 
 
 
277 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.21 
 
 
637 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.17 
 
 
269 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  30.12 
 
 
634 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  28.08 
 
 
271 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.11 
 
 
638 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.08 
 
 
313 aa  63.5  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.74 
 
 
615 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.35 
 
 
632 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  27.08 
 
 
292 aa  63.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.21 
 
 
630 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.84 
 
 
630 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  35.09 
 
 
269 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  35.65 
 
 
277 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.41 
 
 
623 aa  61.6  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.73 
 
 
634 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  40.35 
 
 
271 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.82 
 
 
630 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.36 
 
 
627 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.44 
 
 
630 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.44 
 
 
630 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.61 
 
 
604 aa  58.9  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.69 
 
 
630 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  27.38 
 
 
617 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  26.54 
 
 
626 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  28.46 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  31.93 
 
 
275 aa  57  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.13 
 
 
291 aa  57  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.24 
 
 
630 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
275 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  29.7 
 
 
629 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.08 
 
 
280 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  27.66 
 
 
272 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.72 
 
 
635 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.26 
 
 
280 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.48 
 
 
635 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  27.11 
 
 
477 aa  53.9  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.49 
 
 
645 aa  53.9  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  27.74 
 
 
687 aa  53.1  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  31.48 
 
 
285 aa  53.1  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  31.16 
 
 
299 aa  53.1  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.91 
 
 
632 aa  52.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  30.23 
 
 
270 aa  52.8  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.27 
 
 
628 aa  52.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 
624 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  24.71 
 
 
635 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  33.03 
 
 
276 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  24.42 
 
 
297 aa  50.4  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  35 
 
 
287 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.57 
 
 
635 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.91 
 
 
627 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.56 
 
 
628 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 
262 aa  50.4  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.56 
 
 
628 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  27.45 
 
 
274 aa  50.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.18 
 
 
627 aa  49.7  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.57 
 
 
635 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.57 
 
 
635 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  40.74 
 
 
279 aa  49.3  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 
298 aa  48.1  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.2 
 
 
633 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
615 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  25.52 
 
 
262 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.4 
 
 
287 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  24.32 
 
 
280 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  24.62 
 
 
297 aa  46.2  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.26 
 
 
266 aa  45.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.71 
 
 
684 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  30.71 
 
 
684 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  34.35 
 
 
268 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  42.5 
 
 
271 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  27.11 
 
 
260 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.71 
 
 
684 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.71 
 
 
684 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  30.71 
 
 
684 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  30.71 
 
 
684 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.37 
 
 
596 aa  44.3  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  23.94 
 
 
280 aa  44.3  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>