More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3170 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  410  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  62.19 
 
 		 205 aa  241  6e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3120  hypothetical protein  96.3 
 
 		 198 aa  213  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 196 aa  141  6e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  41.49 
 
 		 195 aa  141  8e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  42.02 
 
 		 196 aa  137  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  41.53 
 
 		 203 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  40.53 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  36.55 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  38.8 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  34.97 
 
 		 214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 221 aa  115  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 209 aa  115  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 226 aa  115  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  35.6 
 
 		 222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 193 aa  112  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 197 aa  109  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 221 aa  109  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 203 aa  104  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 269 aa  101  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 208 aa  98.2  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 216 aa  97.1  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  31.55 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 229 aa  96.7  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 213 aa  92  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 209 aa  87.4  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 224 aa  84.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  28.74 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  29.12 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 231 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 199 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  28.48 
 
 		 210 aa  62  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2485  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2448  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2493  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.126348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 280 aa  61.2  0.000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  31.03 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  35.92 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1668  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  40.91 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  36.73 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 291 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  26.88 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3850  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.349935 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  36.73 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  36.73 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1609  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2695  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.945572  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  37.18 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0543  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.387034  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  35.71 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>