More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2954 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  100 
 
 
415 aa  830    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3394  hypothetical protein  34.47 
 
 
407 aa  202  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2134  Extracellular ligand-binding receptor  34.72 
 
 
412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
398 aa  86.3  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
394 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  25.67 
 
 
417 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 
394 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  29.15 
 
 
447 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.14 
 
 
425 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.54 
 
 
393 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  45.24 
 
 
383 aa  73.6  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  33.82 
 
 
392 aa  73.2  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.22 
 
 
395 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  28.87 
 
 
451 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
394 aa  70.5  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  34.58 
 
 
397 aa  70.5  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
373 aa  70.1  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
411 aa  69.7  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
373 aa  69.7  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  25.28 
 
 
448 aa  69.3  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
441 aa  69.7  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  22.09 
 
 
438 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
410 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
401 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
397 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.47 
 
 
399 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 
400 aa  68.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.79 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
386 aa  67.4  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
411 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4455  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  36.36 
 
 
417 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0616202  normal  0.0186598 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.81 
 
 
397 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
412 aa  66.6  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
397 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  37.61 
 
 
440 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
419 aa  66.2  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  39.47 
 
 
405 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0561  Extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
368 aa  65.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.378991  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1322  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 
418 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0679703  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
402 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  37.33 
 
 
397 aa  65.5  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
381 aa  65.5  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 
410 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
397 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
376 aa  64.3  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
397 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  35.65 
 
 
390 aa  64.3  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.36 
 
 
407 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  42.67 
 
 
376 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.36 
 
 
371 aa  63.5  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 
393 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
377 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 
406 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  35.09 
 
 
396 aa  63.2  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
392 aa  62.8  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
375 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
405 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 
411 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  21.27 
 
 
375 aa  62.8  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  47.54 
 
 
412 aa  62.4  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
406 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  35.78 
 
 
396 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3455  putative lipoprotein  29.58 
 
 
418 aa  62  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.235747  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
410 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.19 
 
 
399 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.46 
 
 
404 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
379 aa  62  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
402 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  37.04 
 
 
389 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.81 
 
 
393 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 
448 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
377 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.8 
 
 
407 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.89 
 
 
408 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
372 aa  61.2  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 
423 aa  61.2  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.83 
 
 
396 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
395 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
403 aa  60.8  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
406 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  25.24 
 
 
428 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
418 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.06 
 
 
406 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  36.84 
 
 
393 aa  60.8  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  29.38 
 
 
405 aa  60.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  31.76 
 
 
419 aa  60.5  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  32.74 
 
 
414 aa  60.5  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  31.19 
 
 
434 aa  60.5  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  39.47 
 
 
382 aa  60.5  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  40.79 
 
 
383 aa  60.1  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
384 aa  60.1  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
384 aa  59.7  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
378 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.89 
 
 
413 aa  60.1  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
379 aa  60.1  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  22.97 
 
 
406 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
411 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
370 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
397 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>