215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2377 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
518 aa  1007    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  65.6 
 
 
529 aa  530  1e-149  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  57.24 
 
 
482 aa  438  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.18 
 
 
463 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.18 
 
 
463 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  53.95 
 
 
463 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  53.07 
 
 
455 aa  396  1e-109  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.47 
 
 
483 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.63 
 
 
463 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.27 
 
 
467 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.25 
 
 
474 aa  364  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.42 
 
 
471 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  53.3 
 
 
462 aa  360  3e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.82 
 
 
473 aa  360  4e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.6 
 
 
480 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  45.07 
 
 
450 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.68 
 
 
451 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.08 
 
 
450 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.08 
 
 
450 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.08 
 
 
450 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.85 
 
 
450 aa  299  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.48 
 
 
450 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.48 
 
 
450 aa  296  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.4 
 
 
450 aa  281  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.21 
 
 
450 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.48 
 
 
517 aa  258  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.25 
 
 
474 aa  253  8.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.26 
 
 
466 aa  209  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.93 
 
 
471 aa  206  9e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.97 
 
 
460 aa  203  8e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.5 
 
 
466 aa  200  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.61 
 
 
529 aa  197  4.0000000000000005e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.9 
 
 
459 aa  192  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  33.26 
 
 
502 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.97 
 
 
486 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.97 
 
 
497 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.97 
 
 
486 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.9 
 
 
492 aa  171  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.65 
 
 
480 aa  171  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.18 
 
 
467 aa  171  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.39 
 
 
517 aa  169  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.6 
 
 
465 aa  168  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.16 
 
 
470 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.12 
 
 
474 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.08 
 
 
476 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.49 
 
 
510 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.95 
 
 
466 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.76 
 
 
484 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.66 
 
 
486 aa  162  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.65 
 
 
470 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.42 
 
 
470 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.49 
 
 
470 aa  157  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.21 
 
 
478 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.28 
 
 
478 aa  155  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.31 
 
 
480 aa  155  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.02 
 
 
464 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.54 
 
 
483 aa  153  8.999999999999999e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.32 
 
 
489 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.88 
 
 
484 aa  152  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.17 
 
 
496 aa  151  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.78 
 
 
479 aa  149  8e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 
474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.22 
 
 
479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.98 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.39 
 
 
492 aa  145  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.95 
 
 
484 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.95 
 
 
484 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.95 
 
 
484 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.41 
 
 
579 aa  142  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  28.63 
 
 
491 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 
477 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  28.01 
 
 
471 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.79 
 
 
471 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.79 
 
 
471 aa  138  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.15 
 
 
551 aa  137  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.85 
 
 
470 aa  136  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.48 
 
 
471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.23 
 
 
475 aa  134  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  24.09 
 
 
462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  30.97 
 
 
508 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.5 
 
 
495 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.91 
 
 
479 aa  130  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.42 
 
 
476 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.32 
 
 
464 aa  130  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.7 
 
 
475 aa  130  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.5 
 
 
495 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.58 
 
 
530 aa  128  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.57 
 
 
486 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.42 
 
 
486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.68 
 
 
490 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.11 
 
 
484 aa  127  7e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.83 
 
 
505 aa  124  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.43 
 
 
492 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.13 
 
 
488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.05 
 
 
789 aa  121  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  28.5 
 
 
442 aa  121  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.34 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.51 
 
 
511 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.12 
 
 
494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.52 
 
 
484 aa  114  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>