175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2234 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 174 aa  346  1e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  77.59 
 
 		 174 aa  279  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  78.57 
 
 		 176 aa  280  1e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  75.29 
 
 		 174 aa  275  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  74.42 
 
 		 174 aa  264  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  72.41 
 
 		 174 aa  258  4e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  69.19 
 
 		 179 aa  239  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  56.9 
 
 		 175 aa  187  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 170 aa  185  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  54.91 
 
 		 178 aa  177  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 175 aa  169  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  52.66 
 
 		 177 aa  165  2.9999999999999998e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  53.16 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  53.75 
 
 		 176 aa  147  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4637  transcriptional regulator, PadR-like family  45.34 
 
 		 183 aa  129  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0904166  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 179 aa  105  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  37.43 
 
 		 202 aa  100  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  36.2 
 
 		 175 aa  98.2  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  38.6 
 
 		 194 aa  96.3  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  36.31 
 
 		 210 aa  94  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 168 aa  91.3  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  35.67 
 
 		 222 aa  90.5  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  37.89 
 
 		 168 aa  88.6  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3177  transcriptional regulator, PadR-like family  35.09 
 
 		 204 aa  88.6  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.556918  normal  0.03966 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  34.86 
 
 		 242 aa  87.4  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  35.5 
 
 		 200 aa  85.5  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06230  predicted transcriptional regulator  34.62 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.946193  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  31.9 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  33.09 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  37.08 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  34.23 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  28.47 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  30.61 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  33.06 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  40.91 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  32.17 
 
 		 177 aa  57.8  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  38.27 
 
 		 190 aa  57  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 242 aa  57  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  35.24 
 
 		 178 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  33.71 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  33.71 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000015361  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2631  hypothetical protein  33.71 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2649  hypothetical protein  33.71 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000115894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  33.71 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  32.56 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2076  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.668384  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  32.56 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  33.71 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  32.56 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  32.58 
 
 		 165 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  28.1 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  29.13 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  27.17 
 
 		 179 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  32.58 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  32.58 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 174 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 179 aa  53.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 179 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 185 aa  52.4  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 185 aa  52.4  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  38.89 
 
 		 196 aa  52  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 185 aa  52  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 196 aa  52  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  23.02 
 
 		 184 aa  52  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  32.48 
 
 		 191 aa  52  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  28.65 
 
 		 191 aa  51.6  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  37.08 
 
 		 186 aa  52  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  25.16 
 
 		 325 aa  51.6  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 202 aa  50.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 202 aa  50.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2867  PadR-like family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 215 aa  51.2  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.435148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 183 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  31.11 
 
 		 203 aa  50.8  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  33.72 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  29.63 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39320  transcriptional regulator, PadR family  38.36 
 
 		 184 aa  50.1  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.700238 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0038  transcriptional regulator, PadR-like family  34.07 
 
 		 197 aa  49.7  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.698447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>