77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1588 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  100 
 
 		 390 aa  767    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  43.53 
 
 		 393 aa  249  6e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  45.71 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  38.97 
 
 		 173 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  52.38 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  30 
 
 		 177 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  30.04 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  25.09 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.42 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  26.46 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  39.56 
 
 		 156 aa  57.8  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  30.52 
 
 		 174 aa  56.2  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 410 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  37.61 
 
 		 182 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 		 366 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 		 352 aa  53.9  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  33.07 
 
 		 283 aa  53.9  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  31.37 
 
 		 1177 aa  53.5  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  32.39 
 
 		 169 aa  53.5  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 367 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  26.73 
 
 		 401 aa  52.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  29.79 
 
 		 352 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  34.74 
 
 		 188 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  32.2 
 
 		 399 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2566  hypothetical protein  33.6 
 
 		 285 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.673339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  25.9 
 
 		 367 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  22.55 
 
 		 400 aa  51.6  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 367 aa  51.2  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  33.33 
 
 		 175 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  26.43 
 
 		 347 aa  50.4  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  27.02 
 
 		 346 aa  50.4  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  33.7 
 
 		 270 aa  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  27.13 
 
 		 388 aa  49.7  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  27.88 
 
 		 377 aa  49.7  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  28.39 
 
 		 391 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  23.22 
 
 		 386 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  28.39 
 
 		 391 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 378 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  27.52 
 
 		 272 aa  49.3  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1063  protein of unknown function DUF955  43.55 
 
 		 157 aa  48.9  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0896525  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  31.25 
 
 		 147 aa  48.9  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  33.04 
 
 		 284 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2215  hypothetical protein  33.33 
 
 		 171 aa  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00779528  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  33.08 
 
 		 269 aa  47.4  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  26.7 
 
 		 416 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  29.09 
 
 		 251 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2541  protein of unknown function DUF955  28.03 
 
 		 295 aa  46.6  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.24198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  23.08 
 
 		 342 aa  46.2  0.0009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  32.48 
 
 		 355 aa  46.2  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  34.17 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 1180 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  39.19 
 
 		 382 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  33 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  25.76 
 
 		 355 aa  45.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  26.4 
 
 		 302 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  26.71 
 
 		 255 aa  45.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  29.46 
 
 		 357 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  27.73 
 
 		 376 aa  44.3  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 469 aa  44.7  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  29.87 
 
 		 350 aa  44.7  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  27.23 
 
 		 399 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0852  hypothetical protein  34.21 
 
 		 224 aa  44.3  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  28.82 
 
 		 360 aa  43.9  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0868  hypothetical protein  34.21 
 
 		 224 aa  44.3  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6746  hypothetical protein  31.78 
 
 		 295 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  29.27 
 
 		 375 aa  43.9  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 359 aa  43.9  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.32 
 
 		 362 aa  43.5  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  28.3 
 
 		 355 aa  43.5  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 110 aa  43.5  0.006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  22.93 
 
 		 257 aa  43.5  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1388  protein of unknown function DUF955  29.89 
 
 		 153 aa  43.1  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  23.41 
 
 		 392 aa  43.1  0.009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0729  hypothetical protein  25.97 
 
 		 435 aa  42.7  0.01  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0733  hypothetical protein  25.97 
 
 		 435 aa  42.7  0.01  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0252542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>