105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1496 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 270 aa  532  1e-150  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  58.49 
 
 		 299 aa  295  4e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  51.1 
 
 		 279 aa  256  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  33.83 
 
 		 271 aa  115  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.35 
 
 		 271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  31.97 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  33.97 
 
 		 271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  34.35 
 
 		 271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 		 277 aa  108  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.11 
 
 		 269 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  29.59 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  29 
 
 		 273 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  31.11 
 
 		 275 aa  99.8  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  30.47 
 
 		 270 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.45 
 
 		 280 aa  99  8e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  32.83 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  31.73 
 
 		 285 aa  92.4  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  32.67 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  36.54 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  30.4 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  34.62 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 		 266 aa  78.6  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.07 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  36.81 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  29.07 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  29.48 
 
 		 276 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  30.67 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  34.31 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  31.62 
 
 		 275 aa  72  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  27.02 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  26.97 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  33.58 
 
 		 635 aa  62.8  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.97 
 
 		 638 aa  62  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.27 
 
 		 635 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.54 
 
 		 629 aa  59.7  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  28.78 
 
 		 626 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 		 628 aa  58.9  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 		 628 aa  58.9  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.72 
 
 		 635 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.97 
 
 		 632 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 		 624 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.45 
 
 		 615 aa  56.6  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  32.04 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  29.49 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.58 
 
 		 637 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.56 
 
 		 687 aa  54.3  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.58 
 
 		 627 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.4 
 
 		 631 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.4 
 
 		 615 aa  53.5  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.95 
 
 		 630 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.55 
 
 		 633 aa  53.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 		 630 aa  53.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 		 630 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.93 
 
 		 630 aa  52.4  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 		 630 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 629 aa  52  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  30.3 
 
 		 266 aa  51.6  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  27.97 
 
 		 634 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.85 
 
 		 630 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  29.24 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.26 
 
 		 630 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  29.57 
 
 		 617 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.93 
 
 		 630 aa  50.8  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.92 
 
 		 604 aa  50.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.26 
 
 		 630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.96 
 
 		 631 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 		 633 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 		 632 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  28.05 
 
 		 295 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  28.05 
 
 		 295 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.52 
 
 		 635 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.91 
 
 		 628 aa  46.6  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.87 
 
 		 635 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3407  hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 		 269 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  decreased coverage  0.0000181243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  26.87 
 
 		 292 aa  46.2  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.89 
 
 		 623 aa  45.8  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  28.05 
 
 		 295 aa  45.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  29.7 
 
 		 280 aa  45.4  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.17 
 
 		 635 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.97 
 
 		 684 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  26.97 
 
 		 684 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  25.5 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.97 
 
 		 684 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.97 
 
 		 684 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.97 
 
 		 687 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  26.97 
 
 		 684 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  26.97 
 
 		 684 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.17 
 
 		 635 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.73 
 
 		 627 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  28.72 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  26 
 
 		 269 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.85 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 		 645 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  27.78 
 
 		 634 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.72 
 
 		 632 aa  43.5  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  28.78 
 
 		 257 aa  43.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.64 
 
 		 621 aa  42.4  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1843  hypothetical protein  20.45 
 
 		 280 aa  42.4  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>