More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1494 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1494  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  100 
 
 
383 aa  740    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3043  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  60.05 
 
 
376 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178966  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5922  Uroporphyrinogen-III synthase-like protein  54.81 
 
 
389 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0915623  normal  0.0919141 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.32 
 
 
391 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000567169  hitchhiker  0.00000562153 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0793  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  55.56 
 
 
383 aa  363  2e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.649128  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2410  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  55.26 
 
 
390 aa  363  3e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000187789  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4262  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  55.49 
 
 
362 aa  351  2e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233788 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1377  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  54.01 
 
 
378 aa  349  4e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.855752  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0840  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.11 
 
 
381 aa  343  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000157223  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3871  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.3 
 
 
362 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.323432  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0253  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.39 
 
 
382 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.518626 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0273  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.12 
 
 
382 aa  336  5e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92823  normal  0.27348 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0263  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.12 
 
 
382 aa  336  5e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169391  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0301  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  53.21 
 
 
380 aa  323  2e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10264  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  49.73 
 
 
381 aa  323  4e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.122536 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3505  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  54.64 
 
 
377 aa  322  7e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0380  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  52.94 
 
 
380 aa  322  9.000000000000001e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848915 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  52.45 
 
 
391 aa  311  2e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677803  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2720  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  50 
 
 
368 aa  308  8e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.210642 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0354  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  49.6 
 
 
372 aa  281  1e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2796  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  48.34 
 
 
381 aa  265  1e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0507836  decreased coverage  0.000543328 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00840  uroporphyrinogen-III synthase  41.78 
 
 
377 aa  263  4e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0880377  normal  0.206146 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1325  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  47.11 
 
 
387 aa  258  1e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112832  normal  0.21583 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1813  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  46.05 
 
 
394 aa  251  1e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0320621  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1303  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  41.71 
 
 
387 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000592794 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1742  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  45.07 
 
 
435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.849504 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1256  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  40.05 
 
 
387 aa  243  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2282  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  44.2 
 
 
419 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000232035  hitchhiker  0.00399846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1775  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  45.63 
 
 
369 aa  235  8e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.488954  normal  0.025641 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2199  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  38.15 
 
 
372 aa  224  2e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.116124  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2288  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.53 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.130767  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2640  uroporphyrinogen-III synthase  31.01 
 
 
264 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0672  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.25 
 
 
284 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947107 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0052  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.24 
 
 
261 aa  94  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.853888  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2335  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29 
 
 
271 aa  93.2  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1707  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.89 
 
 
281 aa  93.2  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.752477 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1526  uroporphyrinogen-III synthase  27.52 
 
 
266 aa  87  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000060174  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4165  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.08 
 
 
280 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  30.37 
 
 
503 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1458  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.21 
 
 
269 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2963  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.59 
 
 
269 aa  75.1  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5710  putative uroporphyrinogen-III synthase  26.67 
 
 
277 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2393  uroporphyrinogen III synthase HEM4  25.84 
 
 
277 aa  73.2  0.000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2449  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.73 
 
 
502 aa  69.7  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.448467  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31 
 
 
503 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1576  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.02 
 
 
281 aa  66.6  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1109  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.67 
 
 
284 aa  66.2  0.0000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4563  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.18 
 
 
281 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20438  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.11 
 
 
503 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.17 
 
 
511 aa  62  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  26.5 
 
 
276 aa  61.2  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3062  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.54 
 
 
512 aa  60.1  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00105684  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3201  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.5 
 
 
519 aa  60.1  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1057  uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.3 
 
 
505 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681167 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1028  uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.38 
 
 
505 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.93 
 
 
507 aa  58.2  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0928  uroporphyrinogen-III synthase  30.08 
 
 
244 aa  57.8  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.232267  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1693  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 
229 aa  56.6  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000234642 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2012  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.75 
 
 
242 aa  54.7  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0493  uroporphyrinogen III synthase HEM4  23.44 
 
 
267 aa  55.1  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1792  uroporphyrinogen-III synthase  23.32 
 
 
263 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.156972  normal  0.974342 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4566  two component transcriptional regulator  38.3 
 
 
248 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.611556  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1341  Uroporphyrinogen-III synthase  27.44 
 
 
266 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1214  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.27 
 
 
281 aa  55.1  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4233  response regulator receiver  41.75 
 
 
244 aa  55.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2604  response regulator receiver  41.75 
 
 
244 aa  55.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.88392  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 
234 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2949  two component transcriptional regulator  38.04 
 
 
263 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.271765  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2905  two component transcriptional regulator  38.04 
 
 
263 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2935  two component transcriptional regulator  38.04 
 
 
263 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1695  response regulator receiver  37.82 
 
 
218 aa  53.9  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.747822 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 
234 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  28.74 
 
 
520 aa  53.5  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
234 aa  53.5  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2558  uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.81 
 
 
506 aa  53.1  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.95 
 
 
243 aa  53.1  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  35.34 
 
 
236 aa  53.1  0.000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1977  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  28.15 
 
 
513 aa  53.1  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0017868  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 
231 aa  52.8  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2579  Uroporphyrinogen-III synthase  25.09 
 
 
266 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.78 
 
 
226 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 
231 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 
245 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3353  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.08 
 
 
504 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422788  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  38.6 
 
 
231 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2838  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 
251 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.692986  normal  0.315208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1238  response regulator receiver  39.13 
 
 
218 aa  51.6  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.48 
 
 
224 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1457  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 
265 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.701993 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1834  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 
251 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131317  normal  0.194802 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1439  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 
265 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.293954  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  39.81 
 
 
224 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.89 
 
 
220 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0893  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 
251 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.58 
 
 
275 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.52 
 
 
508 aa  51.2  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2939  response regulator receiver  40 
 
 
232 aa  50.8  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  37.11 
 
 
245 aa  50.4  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  27.78 
 
 
513 aa  50.4  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3070  two component transcriptional regulator  38.3 
 
 
230 aa  50.8  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000463151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>