282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0730 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  477  1e-134  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 268 aa  207  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 229 aa  143  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 315 aa  123  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  40.19 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  37.27 
 
 		 247 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 226 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  35.25 
 
 		 268 aa  105  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  36.44 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  37.71 
 
 		 315 aa  99.8  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  42.58 
 
 		 343 aa  98.2  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 272 aa  98.2  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  38.8 
 
 		 283 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  45.52 
 
 		 265 aa  97.1  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 250 aa  96.7  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 218 aa  96.7  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 248 aa  96.3  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 224 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  43.8 
 
 		 259 aa  95.9  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  34.82 
 
 		 249 aa  95.1  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  39.44 
 
 		 228 aa  94.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  33.18 
 
 		 272 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  36.63 
 
 		 233 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 293 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  38.05 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 263 aa  90.1  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 234 aa  89.4  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 268 aa  89  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 241 aa  88.6  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 239 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 257 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  33.77 
 
 		 250 aa  86.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  34.47 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  41.46 
 
 		 262 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  35.27 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1527  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  43.36 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  37.41 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  40.34 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  35.81 
 
 		 272 aa  75.5  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  38.76 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2453  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.106386  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  45.3 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  37.93 
 
 		 256 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4188  transcriptional regulator, TetR family  42.98 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 		 211 aa  72  0.000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0056  transcriptional regulator, TetR family  40.94 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  36.3 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  29.09 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  39.82 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  29.39 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1632  transcriptional regulator, TetR family  45.65 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275496  normal  0.111085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>