290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0661 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
484 aa  908    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.35 
 
 
554 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.33 
 
 
789 aa  340  2.9999999999999998e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.8 
 
 
502 aa  299  7e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.83 
 
 
490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.57 
 
 
527 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.84 
 
 
488 aa  273  6e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.32 
 
 
495 aa  271  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  38.61 
 
 
522 aa  266  5e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.86 
 
 
495 aa  266  8e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.96 
 
 
503 aa  263  4.999999999999999e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  36.25 
 
 
484 aa  256  5e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.41 
 
 
530 aa  244  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  35.32 
 
 
511 aa  243  3.9999999999999997e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  35.37 
 
 
961 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.54 
 
 
529 aa  241  2.9999999999999997e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.13 
 
 
534 aa  237  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.74 
 
 
505 aa  236  5.0000000000000005e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  34.66 
 
 
515 aa  232  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  34.43 
 
 
515 aa  231  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  35.28 
 
 
515 aa  230  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.6 
 
 
544 aa  230  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.5 
 
 
494 aa  230  4e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.19 
 
 
515 aa  230  5e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  36.71 
 
 
967 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.43 
 
 
530 aa  227  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  37.62 
 
 
963 aa  225  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.87 
 
 
507 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.47 
 
 
484 aa  223  6e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.18 
 
 
488 aa  221  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.63 
 
 
551 aa  220  3.9999999999999997e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  37.92 
 
 
958 aa  219  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.21 
 
 
511 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.04 
 
 
508 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.9 
 
 
529 aa  204  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.82 
 
 
466 aa  170  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.99 
 
 
510 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.43 
 
 
486 aa  160  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.82 
 
 
490 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  35.59 
 
 
502 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.01 
 
 
492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.21 
 
 
529 aa  154  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.5 
 
 
517 aa  152  8.999999999999999e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
497 aa  153  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.23 
 
 
479 aa  149  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.07 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  32.66 
 
 
491 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  33 
 
 
486 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.22 
 
 
480 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.49 
 
 
480 aa  142  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.76 
 
 
474 aa  140  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.43 
 
 
479 aa  139  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.29 
 
 
477 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.26 
 
 
517 aa  138  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.69 
 
 
484 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.78 
 
 
458 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.65 
 
 
492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.4 
 
 
483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.19 
 
 
460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.38 
 
 
489 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  33.02 
 
 
483 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.47 
 
 
475 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.13 
 
 
484 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.69 
 
 
462 aa  124  4e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.19 
 
 
489 aa  122  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.02 
 
 
560 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  30.5 
 
 
577 aa  121  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.96 
 
 
466 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  32.46 
 
 
470 aa  120  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.04 
 
 
466 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.91 
 
 
474 aa  117  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.43 
 
 
484 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.43 
 
 
484 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.43 
 
 
484 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.17 
 
 
551 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.23 
 
 
471 aa  114  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  26.76 
 
 
548 aa  114  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.27 
 
 
573 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  26.52 
 
 
548 aa  113  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  33.23 
 
 
472 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.96 
 
 
549 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.88 
 
 
546 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.76 
 
 
482 aa  111  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.1 
 
 
489 aa  111  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.96 
 
 
549 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.96 
 
 
549 aa  109  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.22 
 
 
550 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.93 
 
 
483 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  30.73 
 
 
442 aa  107  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
549 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
549 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.79 
 
 
541 aa  107  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.23 
 
 
552 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.78 
 
 
549 aa  106  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.01 
 
 
549 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  24.77 
 
 
507 aa  106  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.81 
 
 
496 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  27.01 
 
 
533 aa  104  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.01 
 
 
549 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>