More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0004 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 457 aa  880    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  53.47 
 
 		 414 aa  426  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  77.54 
 
 		 399 aa  347  3e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  63.71 
 
 		 390 aa  307  2.0000000000000002e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  64.38 
 
 		 377 aa  297  3e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.08 
 
 		 380 aa  294  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.6 
 
 		 379 aa  286  8e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.66 
 
 		 381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  66.53 
 
 		 391 aa  281  2e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.35 
 
 		 397 aa  278  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  59.4 
 
 		 386 aa  275  9e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  60.83 
 
 		 390 aa  271  1e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  60.26 
 
 		 402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.35 
 
 		 378 aa  270  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  65.73 
 
 		 399 aa  270  5e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  58.19 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  64.56 
 
 		 377 aa  268  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  57.69 
 
 		 401 aa  266  4e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.89 
 
 		 401 aa  265  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  61.67 
 
 		 376 aa  263  4.999999999999999e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  58.12 
 
 		 380 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.68 
 
 		 485 aa  263  4.999999999999999e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.32 
 
 		 398 aa  263  6.999999999999999e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  58.12 
 
 		 380 aa  262  8e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  58.12 
 
 		 380 aa  262  8e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  60.68 
 
 		 371 aa  262  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  61.38 
 
 		 377 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  55.04 
 
 		 420 aa  254  3e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  57.14 
 
 		 390 aa  246  6e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  53.42 
 
 		 385 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  54.47 
 
 		 401 aa  237  3e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  48.29 
 
 		 415 aa  228  3e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  50.19 
 
 		 414 aa  228  3e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  53.42 
 
 		 371 aa  225  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  48.25 
 
 		 397 aa  220  3e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  47.03 
 
 		 404 aa  203  4e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  40.84 
 
 		 394 aa  143  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  41.5 
 
 		 398 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.92 
 
 		 375 aa  137  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.92 
 
 		 375 aa  137  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.92 
 
 		 375 aa  137  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  33.2 
 
 		 375 aa  136  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.77 
 
 		 360 aa  136  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.51 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.51 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.51 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.03 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.55 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  34.45 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.51 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.51 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.51 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  34.55 
 
 		 384 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.37 
 
 		 366 aa  133  6.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  33.19 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.37 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  38.4 
 
 		 392 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  28.05 
 
 		 361 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  28.05 
 
 		 361 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.2 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.77 
 
 		 374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  38.56 
 
 		 374 aa  126  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.01 
 
 		 359 aa  126  7e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.46 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.1 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.74 
 
 		 371 aa  125  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.05 
 
 		 371 aa  125  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  29.55 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  29.55 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.14 
 
 		 364 aa  123  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  30.38 
 
 		 371 aa  121  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  33.82 
 
 		 385 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.29 
 
 		 360 aa  120  7e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.83 
 
 		 365 aa  120  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32.05 
 
 		 365 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  30.93 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  31.4 
 
 		 365 aa  118  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  29.11 
 
 		 369 aa  118  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.38 
 
 		 369 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  30.89 
 
 		 380 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  30.89 
 
 		 380 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  36.27 
 
 		 372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.93 
 
 		 390 aa  116  7.999999999999999e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.29 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  33.76 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  33.17 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  30.77 
 
 		 374 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 373 aa  113  7.000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.49 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.47 
 
 		 387 aa  110  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  24.49 
 
 		 433 aa  110  6e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.68 
 
 		 370 aa  109  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  31.97 
 
 		 376 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.08 
 
 		 372 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  30.64 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  33.06 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  35.06 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.67 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.02 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.85 
 
 		 370 aa  106  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>