More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0003 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
386 aa  755    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  82.38 
 
 
402 aa  650    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.5 
 
 
380 aa  396  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  53.75 
 
 
379 aa  394  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.8 
 
 
387 aa  392  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.75 
 
 
375 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.36 
 
 
379 aa  383  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.84 
 
 
408 aa  379  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  51.95 
 
 
376 aa  372  1e-102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.69 
 
 
376 aa  369  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.43 
 
 
376 aa  366  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.37 
 
 
378 aa  367  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.55 
 
 
377 aa  365  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.77 
 
 
396 aa  362  6e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.87 
 
 
388 aa  357  2.9999999999999997e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.23 
 
 
396 aa  354  1e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.02 
 
 
386 aa  352  8e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.1 
 
 
378 aa  349  4e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  47.5 
 
 
402 aa  347  2e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  48.87 
 
 
398 aa  347  3e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.07 
 
 
377 aa  345  7e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.04 
 
 
377 aa  342  5e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  51.6 
 
 
404 aa  341  1e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.14 
 
 
374 aa  340  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.66 
 
 
374 aa  340  2e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.25 
 
 
398 aa  339  4e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.4 
 
 
374 aa  339  5.9999999999999996e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.49 
 
 
398 aa  339  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.49 
 
 
398 aa  338  8e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  47.49 
 
 
398 aa  338  8e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  48.71 
 
 
378 aa  337  1.9999999999999998e-91  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  47.16 
 
 
379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.42 
 
 
383 aa  332  6e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.63 
 
 
374 aa  330  2e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.72 
 
 
378 aa  327  1.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.37 
 
 
408 aa  323  3e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  50.38 
 
 
379 aa  322  6e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  47.13 
 
 
433 aa  316  4e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  45.19 
 
 
365 aa  311  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.38 
 
 
380 aa  300  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  44.16 
 
 
384 aa  298  8e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  43.52 
 
 
364 aa  288  1e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  37.56 
 
 
374 aa  280  2e-74  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  38.6 
 
 
374 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.67 
 
 
366 aa  163  6e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.09 
 
 
365 aa  160  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.38 
 
 
369 aa  159  8e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.67 
 
 
365 aa  157  3e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 
375 aa  152  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.29 
 
 
366 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.29 
 
 
366 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 
365 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.71 
 
 
366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  27.69 
 
 
366 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
367 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
367 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 
385 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
367 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.75 
 
 
385 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  27.95 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  26.29 
 
 
367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 
385 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 
367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 
367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
365 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.8 
 
 
385 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
365 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.99 
 
 
366 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
366 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.06 
 
 
366 aa  139  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 
366 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.76 
 
 
366 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
367 aa  136  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.09 
 
 
367 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  28.32 
 
 
366 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  26.22 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  26.67 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 
366 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
362 aa  134  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 
366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.77 
 
 
374 aa  133  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 
367 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
367 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 
366 aa  133  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  26.88 
 
 
368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  26.99 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  24.37 
 
 
375 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.54 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.23 
 
 
368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>