118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0069 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  98.8 
 
 		 86 bp  157  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  96.39 
 
 		 86 bp  141  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  95.18 
 
 		 86 bp  133  6.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  95.18 
 
 		 83 bp  133  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00430  tRNA-Leu  93.98 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.366056  normal  0.305981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  93.98 
 
 		 84 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  94.94 
 
 		 84 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0003  tRNA-Leu  92.77 
 
 		 83 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  93.67 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  93.06 
 
 		 86 bp  103  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  93.06 
 
 		 86 bp  103  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 84 bp  101  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 84 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0003  tRNA-Leu  90.36 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0003  tRNA-Leu  90.36 
 
 		 83 bp  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 87 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 84 bp  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  87.7  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0073  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357526  normal  0.875145 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0063  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000000112966  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26300  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03410  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.706698 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0058  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0001  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.484304  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0041  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02220  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03620  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0256458  normal  0.0430862 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000108759  hitchhiker  0.00000048604 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531024  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>