112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0022 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R33  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.382537  normal  0.802971 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  83.87 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>