218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4528 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4528  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  539  9.999999999999999e-153  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7317  PadR-like family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 229 aa  333  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9364  transcriptional regulator protein-like protein  58.41 
 
 		 224 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401607  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3567  PadR-like family transcriptional regulator  66.86 
 
 		 213 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.979058  normal  0.850546 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4957  transcriptional regulator, PadR-like family  67.98 
 
 		 212 aa  228  6e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2137  PadR family transcriptional regulator  68.32 
 
 		 199 aa  218  6e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0346  transcriptional regulator, PadR-like family  60.47 
 
 		 201 aa  215  5.9999999999999996e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824785  normal  0.03301 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37830  transcriptional regulator, PadR family  52.7 
 
 		 227 aa  214  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3702  transcriptional regulator, PadR-like family  60.8 
 
 		 212 aa  210  2e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5073  transcriptional regulator, PadR-like family  58.89 
 
 		 205 aa  202  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.189916  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3358  transcriptional regulator, PadR-like family  56.25 
 
 		 213 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4200  transcriptional regulator, PadR-like family  58.19 
 
 		 209 aa  191  8e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5383  transcriptional regulator, PadR-like family  52.77 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2527  transcriptional regulator, PadR-like family  55.43 
 
 		 202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4562  transcriptional regulator PadR family protein  59.44 
 
 		 211 aa  185  7e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.605184  normal  0.596762 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  53.71 
 
 		 203 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5080  PadR-like family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 212 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.6626  hitchhiker  0.0000475922 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5920  transcriptional regulator, PadR-like family  59.12 
 
 		 198 aa  178  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7032  transcriptional regulator, PadR-like family  62.07 
 
 		 181 aa  176  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39320  transcriptional regulator, PadR family  56.65 
 
 		 184 aa  167  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.700238 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 181 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  55.75 
 
 		 180 aa  165  9e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0868  PadR-like family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 181 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525718  normal  0.842124 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  55.11 
 
 		 252 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3510  transcriptional regulator, PadR-like family  48.82 
 
 		 198 aa  159  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3098  PadR family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 187 aa  155  7e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5375  PadR family transcriptional regulator  55.83 
 
 		 181 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.658005  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5464  PadR family transcriptional regulator  55.83 
 
 		 181 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5751  PadR family transcriptional regulator  55.83 
 
 		 181 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.833226  normal  0.410016 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4194  transcriptional regulator, PadR-like family  55.49 
 
 		 199 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  31.84 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0038  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.698447  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  27.22 
 
 		 165 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2658  hypothetical protein  26.63 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287076  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  26.63 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  25.44 
 
 		 165 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  25.44 
 
 		 165 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  25.44 
 
 		 165 aa  62  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000015361  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  41.46 
 
 		 195 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2649  hypothetical protein  25.44 
 
 		 165 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000115894 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2631  hypothetical protein  25.44 
 
 		 165 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3223  transcriptional regulator, PadR-like family  31.35 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.465508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1535  transcriptional regulator, PadR-like family  42.53 
 
 		 183 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.918183  normal  0.0405313 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  38.58 
 
 		 178 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3181  transcriptional regulator, PadR-like family  47.17 
 
 		 177 aa  57  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000117068  hitchhiker  0.000000000506359 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  29.78 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4407  transcriptional regulator protein-like protein  38.24 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0291759 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  33.11 
 
 		 230 aa  53.5  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  38.2 
 
 		 177 aa  53.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 189 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 189 aa  53.9  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 152 aa  53.5  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 372 aa  52.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 114 aa  52.4  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4580  transcriptional regulator, PadR-like family  30.28 
 
 		 203 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  38.37 
 
 		 106 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  37.18 
 
 		 180 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 111 aa  52  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  39.74 
 
 		 107 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  31.1 
 
 		 179 aa  51.2  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 118 aa  51.2  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 205 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  30.54 
 
 		 175 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 121 aa  49.7  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0117  PadR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 204 aa  49.7  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  33.75 
 
 		 114 aa  49.7  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1487  transcriptional regulator, PadR-like family  30.29 
 
 		 198 aa  49.7  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.241527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  29.27 
 
 		 174 aa  49.3  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 109 aa  49.3  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 110 aa  48.9  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 110 aa  48.9  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 110 aa  48.9  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  34.94 
 
 		 191 aa  48.9  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2059  PadR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 127 aa  48.9  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  39.44 
 
 		 316 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  31.58 
 
 		 103 aa  48.5  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25120  predicted transcriptional regulator  40.24 
 
 		 132 aa  48.5  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0115  PadR-like family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 118 aa  48.1  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00621123  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  36.47 
 
 		 110 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  38.46 
 
 		 168 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  37.04 
 
 		 203 aa  48.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  33.7 
 
 		 116 aa  47.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 108 aa  47.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4389  PadR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 220 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 118 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 156 aa  47.4  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 118 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 118 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  36.47 
 
 		 110 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0136  PadR-like family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 190 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2933  PadR-like family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 190 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.568859  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0122  PadR-like family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 190 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166129  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 182 aa  47.4  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  34.15 
 
 		 191 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 110 aa  47  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>