271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4110 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4110  integrase  100 
 
 
236 aa  474  1e-133  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4107  integrase  90.62 
 
 
236 aa  398  1e-110  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4083  transposase  79.24 
 
 
236 aa  385  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2874  integrase catalytic region  87.32 
 
 
213 aa  385  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.30961 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3408  integrase catalytic region  88.39 
 
 
262 aa  384  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4149  integrase  85.45 
 
 
213 aa  375  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4081  putative transposase  81 
 
 
224 aa  364  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3268  integrase catalytic region  86.63 
 
 
212 aa  361  6e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4167  putative transposase  77.78 
 
 
237 aa  360  8e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2851  putative transposase  77.33 
 
 
237 aa  355  4e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.878699  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4166  integrase  84.53 
 
 
228 aa  318  5e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.754053  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4446  integrase catalytic region  84.15 
 
 
175 aa  285  6e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4096  IS6 family transposase  84 
 
 
175 aa  275  4e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7084  integrase catalytic region  82.25 
 
 
169 aa  273  2e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2850  transposase  71.89 
 
 
211 aa  263  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1778  transposase  74.55 
 
 
250 aa  251  6e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.887632  normal  0.245657 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7111  putative transposase  82.91 
 
 
135 aa  203  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.752009  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6782  hypothetical protein  82.47 
 
 
132 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2743  Integrase catalytic region  42.45 
 
 
238 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0323374  normal  0.161234 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3209  transposase  41.9 
 
 
218 aa  168  8e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.262352  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1747  hypothetical protein  38.43 
 
 
302 aa  166  3e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2937 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0897  hypothetical protein  39.42 
 
 
235 aa  164  1e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.116662 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7500  transposase  39.65 
 
 
255 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302467  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5626  integrase catalytic region  42.5 
 
 
243 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.880162  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0219  hypothetical protein  38.43 
 
 
235 aa  160  1e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5211  integrase catalytic subunit  40.09 
 
 
264 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.12008  normal  0.236418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5344  transposase  40.09 
 
 
254 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.781184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5335  transposase  40.09 
 
 
254 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0485  hypothetical protein  38.54 
 
 
235 aa  156  3e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7114  transposase  35.35 
 
 
227 aa  155  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5316  putative transposase  40.1 
 
 
238 aa  155  5e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.110723  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7685  integrase catalytic region  42.42 
 
 
236 aa  155  5e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.686467 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5656  integrase catalytic region  39.35 
 
 
235 aa  153  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.0204963 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5663  integrase catalytic region  37.8 
 
 
235 aa  152  3e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884972 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0613  hypothetical protein  36.92 
 
 
235 aa  152  3e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1573  integrase catalytic subunit  38.81 
 
 
238 aa  152  6e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1660  transposase  41.58 
 
 
263 aa  152  6e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8473  putative transposase  42.35 
 
 
233 aa  151  9e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396806  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1668  transposase  41.09 
 
 
341 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.892331  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5621  integrase catalytic region  37.75 
 
 
235 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5614  integrase catalytic region  37.32 
 
 
235 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0048  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000229018  normal  0.335597 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0055  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.790344 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0160  transposase InsB4 for insertion sequence IS26  39.15 
 
 
240 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0865619  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0070  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.321063 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0078  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.753409 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0035  transposase InsB2 for insertion sequence IS26  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.401823  normal  0.39623 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0122  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.559056 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0132  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.667104  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0115  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754112  normal  0.0114398 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0116  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0605578 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0159  transposase InsB3 for insertion sequence IS26  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.432493  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0136  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0033  transposase InsB1 for insertion sequence IS26  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139125  normal  0.210279 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0160  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0100115  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0156  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.374184  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0149  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0119  IS26 transposase  39.15 
 
 
240 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.16763 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1565  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.106684  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0099  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.41105  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0096  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5309  putative transposase  39.18 
 
 
212 aa  149  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0076  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.572199  normal  0.511731 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0040  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.318026 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0014  IS26 transposase  37.87 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.298746  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1583  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.736134  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1578  IS26 transposase  39.15 
 
 
234 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0392285  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4520  transposase  36.09 
 
 
228 aa  148  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.163983  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3882  transposase, putative  39.91 
 
 
236 aa  148  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.227634 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4406  integrase catalytic region  35.55 
 
 
230 aa  145  4e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.04677e-06  normal  0.339026 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4345  Transposase and inactivated derivatives-like protein  35.55 
 
 
230 aa  145  4e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.177177  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4664  integrase catalytic region  35.55 
 
 
230 aa  145  4e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  6.73893e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4341  Transposase and inactivated derivatives-like protein  35.55 
 
 
230 aa  145  4e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.09545e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1855  transposase, putative  38.1 
 
 
228 aa  145  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1851  transposase, putative  38.1 
 
 
228 aa  145  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5509  integrase catalytic region  39.09 
 
 
222 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.384257 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1785  putative transposase  37.62 
 
 
228 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.702349  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8070  transposase  37.2 
 
 
346 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.837659  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5438  putative insertion sequence transposase-like protein  38.1 
 
 
250 aa  140  2e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5422  putative insertion sequence transposase-like protein  38.1 
 
 
250 aa  140  2e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4558  transposase  40 
 
 
215 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1886  putative transposase  43.01 
 
 
250 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2883  ISSod8, transposase  43.36 
 
 
206 aa  135  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0002  truncated IS431mec-like transposase  35.12 
 
 
214 aa  135  7e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00153541  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7034  hypothetical protein  37.93 
 
 
250 aa  134  1e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0794917  normal  0.0905245 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1165  putative IS element transposase  36.97 
 
 
242 aa  134  1e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1696  IS6 family transposase  36.97 
 
 
242 aa  134  1e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2794  ISRh1 transposase-like protein  36.97 
 
 
242 aa  134  1e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1705  IS6 family transposase  36.97 
 
 
242 aa  134  1e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6108  hypothetical protein  41.97 
 
 
250 aa  133  2e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6131  Transposase and inactivated derivatives-like protein  41.97 
 
 
346 aa  133  2e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0085  ISSod8, transposase  43.26 
 
 
181 aa  134  2e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0953687  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0026  integrase catalytic subunit  36 
 
 
224 aa  133  2e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.159143  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2526  IS431mec-like transposase  36 
 
 
224 aa  133  2e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  2.75342e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0026  integrase catalytic region  36 
 
 
224 aa  133  2e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.509582  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0071  transposase  36.59 
 
 
224 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.507355 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2758  integrase catalytic subunit  35.21 
 
 
224 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2808  integrase catalytic region  35.21 
 
 
224 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0988586  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2803  integrase catalytic region  35.21 
 
 
224 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2763  integrase catalytic subunit  35.21 
 
 
224 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.776965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>