227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3980 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  543  1e-154  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 242 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  32.51 
 
 		 223 aa  90.5  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  33.47 
 
 		 315 aa  89  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  32.69 
 
 		 250 aa  87.8  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 233 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 268 aa  87.8  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 218 aa  87  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 231 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 229 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  39.31 
 
 		 311 aa  82  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 258 aa  82  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 272 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  33.77 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  38.73 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  33.19 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 343 aa  79.3  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  42.4 
 
 		 228 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  38.35 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  32.92 
 
 		 272 aa  76.3  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 281 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  34.25 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  42.45 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 218 aa  72  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 263 aa  72  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  37.16 
 
 		 253 aa  72  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  36.52 
 
 		 224 aa  71.6  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  39.04 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  40.83 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  37.98 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 221 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  33.56 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  31.17 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 210 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  43.68 
 
 		 228 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4188  transcriptional regulator, TetR family  47.52 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  40.19 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  38.52 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 252 aa  65.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 257 aa  65.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  33.08 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26640  transcriptional regulator, tetR family  35.46 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.062936  normal  0.0737104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 214 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4456  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.162192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1527  transcriptional regulator, TetR family  35.83 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0056  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  29.65 
 
 		 239 aa  62  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 221 aa  62  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 240 aa  62  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  34.56 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>