114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3798 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3798  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
263 aa  503  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00159012  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0929  endonuclease/exonuclease/phosphatase  72.87 
 
 
259 aa  320  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.391996  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0990  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.88 
 
 
255 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0962  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.88 
 
 
255 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0980  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.88 
 
 
255 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal  0.0626393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0808  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.28 
 
 
257 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.555445  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2832  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.19 
 
 
260 aa  202  6e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.313269  decreased coverage  0.00271528 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2507  endonuclease/exonuclease/phosphatase  52.85 
 
 
260 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366976  normal  0.0314465 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2356  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.75 
 
 
259 aa  186  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.400478  normal  0.0671284 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4386  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.02 
 
 
269 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0330  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.06 
 
 
262 aa  175  7e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0263555  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1174  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.59 
 
 
257 aa  166  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.834262  normal  0.168848 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0040  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.91 
 
 
329 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3480  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.59 
 
 
276 aa  95.9  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.66 
 
 
257 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.52 
 
 
328 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.89 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.16 
 
 
328 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.05 
 
 
808 aa  73.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.33 
 
 
283 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.82 
 
 
242 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.53 
 
 
244 aa  70.1  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0905  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.77 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.965687  normal  0.246268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.95 
 
 
259 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.34 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.34 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.33 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.89 
 
 
260 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3358  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.05 
 
 
298 aa  64.7  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5198  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.62 
 
 
278 aa  64.7  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.440175 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.51 
 
 
1153 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.51 
 
 
338 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.29 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  30.19 
 
 
286 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  30.51 
 
 
338 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.56 
 
 
264 aa  63.2  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.69 
 
 
279 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0800  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 
258 aa  62  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179814  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.36 
 
 
278 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0649  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.33 
 
 
250 aa  62  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.441021  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0904  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.68 
 
 
289 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  0.240953 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.18 
 
 
269 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.97 
 
 
231 aa  59.7  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.43 
 
 
837 aa  59.7  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.76 
 
 
269 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0209  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.76 
 
 
283 aa  58.5  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  27.3 
 
 
245 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11000  metal-dependent hydrolase  33.33 
 
 
316 aa  58.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.84 
 
 
235 aa  57  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.46 
 
 
233 aa  57  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.69 
 
 
242 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2384  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.74 
 
 
300 aa  56.2  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.22 
 
 
281 aa  54.7  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2528  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.88 
 
 
312 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.772852  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.46 
 
 
228 aa  54.3  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0003  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  27.24 
 
 
299 aa  54.3  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.33 
 
 
271 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.82 
 
 
242 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4283  Metal-dependent exonuclease protein  26.91 
 
 
286 aa  52.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.14 
 
 
269 aa  52.4  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.82 
 
 
236 aa  52  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  29.45 
 
 
273 aa  51.6  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.56 
 
 
287 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0469  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.77 
 
 
257 aa  51.6  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.20357 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.92 
 
 
226 aa  50.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4976  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.44 
 
 
266 aa  49.7  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000483065 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.57 
 
 
285 aa  49.7  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.48 
 
 
246 aa  49.7  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5408  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.64 
 
 
634 aa  49.3  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.521256  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1059  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  26.2 
 
 
285 aa  48.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0432754  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3633  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.43 
 
 
252 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0240015  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.14 
 
 
261 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4197  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.75 
 
 
288 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.5 
 
 
282 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.69 
 
 
251 aa  47.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.91 
 
 
232 aa  47.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3873  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.35 
 
 
288 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4122  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.54 
 
 
287 aa  47.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.27 
 
 
247 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.57 
 
 
245 aa  47  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0607  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.28 
 
 
253 aa  47  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.66 
 
 
240 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1324  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.83 
 
 
285 aa  47  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.79 
 
 
261 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2849  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.8 
 
 
276 aa  46.2  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.942011  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.66 
 
 
255 aa  46.6  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0781  hypothetical protein  30.71 
 
 
256 aa  46.2  0.0005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.17 
 
 
246 aa  46.2  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.66 
 
 
255 aa  46.6  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0694  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.12 
 
 
256 aa  46.2  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.4725  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.38 
 
 
245 aa  45.8  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5450  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.01 
 
 
257 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  29.2 
 
 
240 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3567  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.37 
 
 
286 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.202667  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.2 
 
 
240 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.31 
 
 
250 aa  45.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2393  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.46 
 
 
277 aa  44.7  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2394  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.34 
 
 
243 aa  44.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3245  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.52 
 
 
318 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2702  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.92 
 
 
265 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>