More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3734 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3734  phage integrase-like SAM-like  100 
 
 		 323 aa  647    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  71.65 
 
 		 395 aa  456  1e-127  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  69.28 
 
 		 364 aa  448  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  69.28 
 
 		 364 aa  448  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  68.4 
 
 		 344 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  69.93 
 
 		 312 aa  385  1e-106  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  55.8 
 
 		 367 aa  344  1e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  43.61 
 
 		 373 aa  257  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2053  phage integrase-like SAM-like  95.2 
 
 		 141 aa  239  4e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.227287  normal  0.287411 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  38.59 
 
 		 361 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  37.62 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  31.6 
 
 		 370 aa  191  2e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  35.02 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  30.86 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  33.82 
 
 		 519 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1426  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 401 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0512  phage integrase family protein  36.52 
 
 		 399 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5398  phage integrase family protein  36.52 
 
 		 399 aa  149  5e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.525123 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5418  phage integrase family protein  36.52 
 
 		 399 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.135045 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3970  phage integrase family protein  34.73 
 
 		 388 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1934  phage integrase  34.73 
 
 		 388 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3803  phage integrase family protein  34.73 
 
 		 388 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.704516  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0478  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3904  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.156918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5935  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3896  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466642 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3698  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0843425  normal  0.150744 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3469  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00208728  normal  0.0117425 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3740  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3044  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00169579  hitchhiker  0.00511814 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1215  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0266422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3585  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0961554  normal  0.0104097 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3603  integrase family protein  35.43 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00185249  normal  0.0618764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  31.83 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  31.83 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  31.83 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  29.18 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  29.18 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  29.18 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.61 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  27.09 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  27.07 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  27.01 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.69 
 
 		 296 aa  89.4  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  27.44 
 
 		 338 aa  89  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  25.31 
 
 		 319 aa  89.4  9e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  28.75 
 
 		 360 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  30.03 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  29.65 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  26.03 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  28.43 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  23.96 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  26.33 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2147  phage integrase  29.71 
 
 		 411 aa  86.7  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3532  phage integrase  29.71 
 
 		 411 aa  86.7  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.346968  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  27.55 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  28.98 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  27.55 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  26.02 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  25.67 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  25.67 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  25.38 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 302 aa  82.4  0.00000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.41 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  30.39 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5285  phage integrase family protein  26.99 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  24.27 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  34.59 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.94 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  26.02 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  23.87 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  27.81 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  25.63 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0067  integrase family protein  24.15 
 
 		 385 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.952097  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  28.17 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  27.04 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  28.44 
 
 		 400 aa  79.7  0.00000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  28.3 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.53 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.69 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3611  integrase domain protein SAM domain protein  28.57 
 
 		 399 aa  79.3  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00442535  normal  0.0137307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>