More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3726 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3726  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 486 aa  962    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.575274  normal  0.503349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1198  diaminopimelate decarboxylase  66.36 
 
 		 465 aa  548  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  59.52 
 
 		 461 aa  528  1e-149  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3652  diaminopimelate decarboxylase  59.7 
 
 		 470 aa  522  1e-147  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4034  diaminopimelate decarboxylase  60 
 
 		 470 aa  523  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.84121  hitchhiker  0.00505776 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  61.04 
 
 		 461 aa  519  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  64.8 
 
 		 451 aa  520  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  60.74 
 
 		 461 aa  512  1e-144  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  60.32 
 
 		 465 aa  514  1e-144  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0629  diaminopimelate decarboxylase  59.34 
 
 		 500 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0587531  decreased coverage  0.000745702 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1637  diaminopimelate decarboxylase  56.92 
 
 		 460 aa  492  9.999999999999999e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00899819  normal  0.731678 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19350  diaminopimelate decarboxylase  55.53 
 
 		 470 aa  483  1e-135  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.28871  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29970  diaminopimelate decarboxylase  57.72 
 
 		 479 aa  484  1e-135  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450757  normal  0.317185 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4349  diaminopimelate decarboxylase  59.41 
 
 		 476 aa  481  1e-134  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344454  normal  0.204157 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1900  diaminopimelate decarboxylase  57.08 
 
 		 473 aa  473  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09810  diaminopimelate decarboxylase  56.55 
 
 		 462 aa  473  1e-132  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.735936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1743  diaminopimelate decarboxylase  57.02 
 
 		 466 aa  474  1e-132  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.13647  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3883  diaminopimelate decarboxylase  55.86 
 
 		 474 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.29281  normal  0.98417 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2297  diaminopimelate decarboxylase  58.73 
 
 		 472 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3897  diaminopimelate decarboxylase  55.86 
 
 		 474 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3971  diaminopimelate decarboxylase  55.86 
 
 		 474 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11320  diaminopimelate decarboxylase lysA (dap decarboxylase)  55.86 
 
 		 447 aa  464  1e-129  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4154  diaminopimelate decarboxylase  54.78 
 
 		 496 aa  455  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.753034  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5547  diaminopimelate decarboxylase  53.94 
 
 		 468 aa  456  1e-127  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.208469 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  54.57 
 
 		 453 aa  451  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1251  diaminopimelate decarboxylase  54.59 
 
 		 463 aa  450  1e-125  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.254019  normal  0.196655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6157  diaminopimelate decarboxylase  56.53 
 
 		 474 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2357  diaminopimelate decarboxylase  50.74 
 
 		 490 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000765789 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3234  diaminopimelate decarboxylase  54.4 
 
 		 437 aa  434  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2093  diaminopimelate decarboxylase  51.85 
 
 		 484 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000338796  normal  0.0501266 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2624  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 500 aa  434  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372196  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08010  diaminopimelate decarboxylase  50.43 
 
 		 490 aa  410  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.426726  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1792  diaminopimelate decarboxylase  49.56 
 
 		 459 aa  411  1e-113  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6754  diaminopimelate decarboxylase  57.54 
 
 		 423 aa  408  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00057855  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1053  diaminopimelate decarboxylase  51.68 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.861814  normal  0.885214 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2466  diaminopimelate decarboxylase  50.89 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.093066  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  44.87 
 
 		 439 aa  392  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0279  diaminopimelate decarboxylase  48.85 
 
 		 451 aa  395  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  45.77 
 
 		 441 aa  390  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  44.88 
 
 		 445 aa  387  1e-106  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  44.26 
 
 		 438 aa  388  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 		 447 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  47.47 
 
 		 439 aa  382  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 		 440 aa  384  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1510  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156168 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1542  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1329  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1302  diaminopimelate decarboxylase  45.67 
 
 		 438 aa  381  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1303  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1438  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1579  diaminopimelate decarboxylase  45.67 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.111116  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  47.31 
 
 		 434 aa  379  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0576  diaminopimelate decarboxylase  44.12 
 
 		 431 aa  375  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.757685  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1342  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 438 aa  378  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.369143  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  45.83 
 
 		 434 aa  373  1e-102  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  48.48 
 
 		 435 aa  374  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0562  diaminopimelate decarboxylase  44.12 
 
 		 431 aa  374  1e-102  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01670  diaminopimelate decarboxylase  47.11 
 
 		 452 aa  375  1e-102  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.209967  hitchhiker  0.000000000000581642 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1473  diaminopimelate decarboxylase  43.79 
 
 		 438 aa  372  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  46.89 
 
 		 434 aa  371  1e-101  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3871  diaminopimelate decarboxylase  44.03 
 
 		 438 aa  371  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.063243 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  47.13 
 
 		 434 aa  369  1e-101  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1280  diaminopimelate decarboxylase  52.95 
 
 		 455 aa  371  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.199446  normal  0.205657 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1141  diaminopimelate decarboxylase  44.5 
 
 		 438 aa  369  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1130  diaminopimelate decarboxylase  43.96 
 
 		 447 aa  363  3e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.153124  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  42.42 
 
 		 437 aa  360  2e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  45.15 
 
 		 433 aa  358  9.999999999999999e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  41.86 
 
 		 448 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  44.06 
 
 		 464 aa  355  6.999999999999999e-97  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  46.7 
 
 		 443 aa  348  1e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  41.55 
 
 		 427 aa  346  4e-94  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  42.45 
 
 		 421 aa  344  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  42.45 
 
 		 421 aa  344  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1814  diaminopimelate decarboxylase  47.11 
 
 		 426 aa  342  1e-92  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.040954  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  42.76 
 
 		 421 aa  337  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  41.88 
 
 		 436 aa  335  7.999999999999999e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  42.4 
 
 		 448 aa  335  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  47.36 
 
 		 423 aa  334  2e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0667  diaminopimelate decarboxylase  42.38 
 
 		 430 aa  334  2e-90  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00422384  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0842  diaminopimelate decarboxylase  40.36 
 
 		 477 aa  333  4e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0309438 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0123  diaminopimelate decarboxylase  41.09 
 
 		 474 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.251884  normal  0.0757404 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0126  diaminopimelate decarboxylase  41.09 
 
 		 474 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0912  diaminopimelate decarboxylase  41.32 
 
 		 464 aa  330  4e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  43.96 
 
 		 445 aa  329  8e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  40.22 
 
 		 458 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  40.18 
 
 		 463 aa  327  2.0000000000000001e-88  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  38.79 
 
 		 435 aa  324  2e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  38.79 
 
 		 457 aa  323  5e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  45.08 
 
 		 444 aa  318  9e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  42.5 
 
 		 459 aa  318  1e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  38.57 
 
 		 457 aa  318  2e-85  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  37.8 
 
 		 457 aa  316  6e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11811  diaminopimelate decarboxylase  37.14 
 
 		 457 aa  312  6.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  37.76 
 
 		 430 aa  311  1e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1391  diaminopimelate decarboxylase  41.5 
 
 		 459 aa  311  1e-83  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  38.57 
 
 		 475 aa  308  2.0000000000000002e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  41.55 
 
 		 455 aa  306  8.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  38.03 
 
 		 455 aa  300  3e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14901  diaminopimelate decarboxylase  38.36 
 
 		 454 aa  297  3e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.813083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0658  diaminopimelate decarboxylase  37.26 
 
 		 454 aa  293  4e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>