More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3577 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
421 aa  828    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.87 
 
 
385 aa  518  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  70.11 
 
 
388 aa  485  1e-136  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.48 
 
 
365 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  64.4 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.92 
 
 
376 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  64.15 
 
 
374 aa  458  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.46 
 
 
395 aa  452  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  63.97 
 
 
371 aa  438  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  62.26 
 
 
365 aa  440  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.05 
 
 
353 aa  440  9.999999999999999e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.2 
 
 
380 aa  437  1e-121  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.21 
 
 
376 aa  434  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  65.19 
 
 
388 aa  430  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  65.36 
 
 
368 aa  431  1e-119  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.68 
 
 
430 aa  428  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.09 
 
 
370 aa  427  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.66 
 
 
365 aa  427  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  60.59 
 
 
391 aa  418  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.96 
 
 
372 aa  421  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.64 
 
 
383 aa  420  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.74 
 
 
365 aa  419  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  60.54 
 
 
375 aa  419  1e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  61.17 
 
 
364 aa  416  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.31 
 
 
364 aa  415  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.17 
 
 
368 aa  417  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  67.51 
 
 
395 aa  417  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.05 
 
 
465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.7 
 
 
426 aa  404  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.38 
 
 
429 aa  402  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.26 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.26 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  62.26 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  58.04 
 
 
389 aa  384  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.92 
 
 
389 aa  377  1e-103  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  50.96 
 
 
361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.45 
 
 
399 aa  303  5.000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.75 
 
 
363 aa  301  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  50.14 
 
 
354 aa  292  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.06 
 
 
399 aa  290  3e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  46.01 
 
 
371 aa  278  2e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  51.36 
 
 
353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  41.47 
 
 
348 aa  262  8e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  45.81 
 
 
360 aa  258  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  42.03 
 
 
349 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  44.93 
 
 
374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  44.93 
 
 
383 aa  253  7e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  42.41 
 
 
372 aa  252  9.000000000000001e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1323  radical SAM enzyme, Cfr family  43.94 
 
 
348 aa  252  1e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  40.66 
 
 
351 aa  250  3e-65  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.11 
 
 
349 aa  249  5e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.4 
 
 
365 aa  249  5e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  43.75 
 
 
342 aa  249  6e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  41.5 
 
 
357 aa  249  9e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0834  radical SAM protein  44.44 
 
 
428 aa  248  1e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0281827 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.83 
 
 
343 aa  248  2e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2871  radical SAM protein  46.33 
 
 
393 aa  247  4e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 
343 aa  246  8e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  40.87 
 
 
356 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  41.35 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1388  radical SAM enzyme, Cfr family  44.74 
 
 
462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  42.97 
 
 
378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.04 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  45.88 
 
 
394 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.19 
 
 
364 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.21 
 
 
419 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  45.73 
 
 
408 aa  243  6e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  41.94 
 
 
382 aa  242  7.999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  44.57 
 
 
364 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.48 
 
 
344 aa  241  1e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  46.29 
 
 
372 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.95 
 
 
400 aa  240  4e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  45.71 
 
 
372 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.67 
 
 
388 aa  239  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.86 
 
 
341 aa  239  6.999999999999999e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  44.84 
 
 
373 aa  239  9e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  44.79 
 
 
372 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  44.25 
 
 
397 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  42.81 
 
 
344 aa  238  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  43.21 
 
 
382 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  40.93 
 
 
370 aa  238  2e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.89 
 
 
398 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  40.93 
 
 
370 aa  238  2e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  42.82 
 
 
391 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  42.94 
 
 
366 aa  237  3e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  41.78 
 
 
392 aa  237  3e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1338  radical SAM enzyme, Cfr family  38.33 
 
 
351 aa  236  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0802459  normal  0.737261 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.27 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.14 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  45.07 
 
 
377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.27 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.27 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.57 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.67 
 
 
393 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.27 
 
 
388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>