More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3558 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 327 aa  618  1e-176  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  74.49 
 
 		 313 aa  385  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  59.73 
 
 		 295 aa  296  2e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  58.02 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  58.14 
 
 		 299 aa  292  6e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  56.76 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  60.27 
 
 		 289 aa  277  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 322 aa  271  8.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  54.7 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  56.84 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  51.88 
 
 		 299 aa  258  9e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  56.27 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  53.9 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  51.19 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  51.19 
 
 		 298 aa  245  8e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 		 295 aa  242  7e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  53.9 
 
 		 327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  54.92 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  53.1 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  51.38 
 
 		 336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  52.48 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  48.12 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 343 aa  232  6e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.3 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  58.95 
 
 		 318 aa  225  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  53.11 
 
 		 323 aa  222  8e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  45.35 
 
 		 348 aa  219  3.9999999999999997e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.55 
 
 		 314 aa  195  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 318 aa  185  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 306 aa  186  7e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  44.53 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  47.81 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  42.43 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 328 aa  180  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  44.04 
 
 		 313 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 304 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  47.09 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  43.71 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 315 aa  176  7e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.07 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 387 aa  175  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  44.25 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 241 aa  173  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  37 
 
 		 291 aa  169  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.27 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 363 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  40.44 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 291 aa  168  9e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  36.11 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  39.56 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>