More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3512 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  573  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  52.22 
 
 		 221 aa  168  7e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  50.95 
 
 		 231 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.52 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  45.91 
 
 		 265 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.5 
 
 		 248 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 236 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  44.13 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 229 aa  122  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  38.05 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  42.38 
 
 		 244 aa  112  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  37.56 
 
 		 263 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  36.24 
 
 		 263 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  42.79 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 273 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 239 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 277 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 277 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 272 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  38.14 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  33.49 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  23.19 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.33 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  35.53 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  35.75 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 271 aa  67  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 281 aa  66.6  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.23 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  36.18 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  24.62 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.35 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  40.12 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  37.41 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  44.16 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 273 aa  58.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.03 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.62 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.33 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  21.66 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.31 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  24.89 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  37.01 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 310 aa  55.1  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.44 
 
 		 303 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 271 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0693  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 275 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  34.45 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  19.74 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 279 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 246 aa  53.9  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 244 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 300 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6197  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 230 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  24.35 
 
 		 269 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>