199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3446 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  584  1e-166  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  80.56 
 
 		 288 aa  480  1e-134  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  66.9 
 
 		 288 aa  395  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  67.72 
 
 		 292 aa  393  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  64.93 
 
 		 288 aa  385  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  63.54 
 
 		 285 aa  367  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  64.24 
 
 		 290 aa  364  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  60.93 
 
 		 303 aa  358  4e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 296 aa  355  5e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  62.24 
 
 		 290 aa  348  6e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  63.96 
 
 		 295 aa  345  4e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  58.62 
 
 		 292 aa  344  1e-93  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  61.87 
 
 		 303 aa  344  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  62.85 
 
 		 295 aa  340  1e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  60.35 
 
 		 301 aa  333  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  62.81 
 
 		 300 aa  332  3e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  56.94 
 
 		 296 aa  331  7.000000000000001e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  59.64 
 
 		 287 aa  325  6e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  60.58 
 
 		 276 aa  325  7e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  54.51 
 
 		 294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  56.99 
 
 		 302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  58.78 
 
 		 288 aa  311  6.999999999999999e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  55.17 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  53.47 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  53.71 
 
 		 285 aa  293  2e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  58.3 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  49.65 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 301 aa  269  4e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  51.09 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 292 aa  266  4e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  52.14 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  49.44 
 
 		 289 aa  256  3e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  44.29 
 
 		 291 aa  247  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  43.97 
 
 		 285 aa  236  4e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  42.91 
 
 		 287 aa  228  9e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  43.38 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  41.7 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  43.27 
 
 		 283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  42.4 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  43.21 
 
 		 410 aa  211  7.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  42.91 
 
 		 282 aa  211  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  42.34 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  40.78 
 
 		 287 aa  205  7e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  44.49 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  39.31 
 
 		 291 aa  200  3e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  42.91 
 
 		 291 aa  199  6e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  43.22 
 
 		 280 aa  198  7.999999999999999e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  44.4 
 
 		 278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  38.52 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  40.16 
 
 		 284 aa  191  9e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  37.86 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 282 aa  190  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  38.49 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  40.14 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  38.97 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  40.36 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  37.98 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.15 
 
 		 284 aa  179  7e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.57 
 
 		 281 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  36.97 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  34 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  37.09 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  40.15 
 
 		 285 aa  168  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  36.33 
 
 		 287 aa  168  9e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6444  putative transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 380 aa  166  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.504715  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.37 
 
 		 278 aa  166  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.83 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  35.25 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  36.79 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  35.76 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.23 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 281 aa  159  6e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  46.02 
 
 		 212 aa  159  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  34.05 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  37.37 
 
 		 278 aa  155  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  35.76 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  36.9 
 
 		 262 aa  155  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  41.7 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  33.56 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  38.27 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  35.83 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  33.58 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  34.69 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  34.51 
 
 		 319 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  32.75 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  33.8 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4490  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  31.86 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  37.13 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5407  hypothetical protein  34.6 
 
 		 272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4907  helix-turn-helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  35.74 
 
 		 274 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>