159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3346 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3346  CRISPR-associated Cas1 family protein  100 
 
 
344 aa  689    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0114588  normal  0.257048 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0493  CRISPR-associated Cas1 family protein  41.81 
 
 
343 aa  260  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1477  CRISPR-associated protein Cas1  43.24 
 
 
339 aa  249  6e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.544523 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3371  hypothetical protein  42.77 
 
 
339 aa  248  1e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1072  hypothetical protein  40.63 
 
 
344 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0131411 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0651  CRISPR-associated Cas1 family protein  41.98 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.280265  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0234  CRISPR-associated Cas1 family protein  43.4 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2651  CRISPR-associated protein Cas1  41.47 
 
 
346 aa  241  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000206162  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0833  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.75 
 
 
344 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0219387  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0819  CRISPR-associated protein Cas1  38.37 
 
 
344 aa  228  9e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.606535  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1154  CRISPR-associated Cas1 family protein  40.17 
 
 
343 aa  228  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1936  hypothetical protein  39.02 
 
 
344 aa  220  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0480  hypothetical protein  38.17 
 
 
342 aa  217  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.843474  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3907  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.59 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.63849  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4330  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.55 
 
 
343 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000958951  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1005  hypothetical protein  36.55 
 
 
343 aa  211  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0263326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31580  CRISPR-associated protein Cas1  37.86 
 
 
346 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0606  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.15 
 
 
338 aa  210  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.506127  normal  0.66678 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1300  hypothetical protein  35.67 
 
 
343 aa  207  3e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.187161  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1662  CRISPR-associated protein Cas1  35.96 
 
 
343 aa  206  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.250727  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1431  CRISPR-associated Cas1 family protein  35.09 
 
 
343 aa  205  8e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1482  CRISPR-associated protein Cas1  34.5 
 
 
343 aa  205  8e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1976  CRISPR-associated protein Cas1  38.3 
 
 
343 aa  204  3e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02696  crispr-associated protein Cas1  37.35 
 
 
344 aa  202  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.512018  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2973  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.26 
 
 
343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0852  CRISPR-associated Cas1 family protein  33.53 
 
 
344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.749632  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2188  CRISPR-associated protein Cas1  36.18 
 
 
343 aa  200  3e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1633  CRISPR-associated protein Cas1  35.8 
 
 
346 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.599733 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1974  CRISPR-associated protein Cas1  34.97 
 
 
343 aa  196  3e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.522968  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3646  CRISPR-associated protein Cas1  34.81 
 
 
343 aa  193  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3524  CRISPR-associated Cas1 family protein  35.82 
 
 
341 aa  192  7e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2974  CRISPR-associated protein Cas1  32.44 
 
 
545 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1007  CRISPR-associated Cas1 family protein  35.38 
 
 
343 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2841  CRISPR-associated protein Cas1  38.12 
 
 
525 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00141566  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2462  CRISPR-associated protein Cas1  32.63 
 
 
325 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.634765 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1718  CRISPR-associated protein Cas1  32.04 
 
 
325 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.07332e-23 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1625  CRISPR-associated Cas1 family protein  31.94 
 
 
544 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.575155  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0504  CRISPR-associated protein Cas1  31.74 
 
 
325 aa  165  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3119  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  31.04 
 
 
550 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000141365  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0521  CRISPR-associated protein Cas1  31.74 
 
 
325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000250956  hitchhiker  0.00000123897 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1441  CRISPR-associated protein Cas1  32.33 
 
 
598 aa  163  4.0000000000000004e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0376991  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4176  hypothetical protein  32.89 
 
 
333 aa  162  8.000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2234  CRISPR-associated Cas1 family protein  34.92 
 
 
350 aa  162  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.982085  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0179  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  33.33 
 
 
580 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1634  CRISPR-associated Cas1 family protein  28.85 
 
 
334 aa  161  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1984  CRISPR-associated Cas1 family protein  33.83 
 
 
339 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.424178 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3506  hypothetical protein  32.65 
 
 
326 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.902663  normal  0.59754 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3451  CRISPR-associated protein Cas1  34.01 
 
 
339 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.124605  normal  0.143241 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2913  CRISPR-associated protein Cas1  32.63 
 
 
553 aa  157  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0184071  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2433  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  32.35 
 
 
570 aa  156  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0199418  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2483  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.26 
 
 
339 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0190242  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  31.86 
 
 
731 aa  154  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0151  CRISPR-associated protein Cas1  32.16 
 
 
336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.855005 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  31.65 
 
 
731 aa  152  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0057  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  32.54 
 
 
559 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  30.57 
 
 
727 aa  146  6e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1749  hypothetical protein  28.32 
 
 
336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1154  hypothetical protein  32.3 
 
 
371 aa  136  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00923322  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2061  CRISPR-associated Cas1 family protein  29.77 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2386  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.59 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1858  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.36 
 
 
347 aa  132  6e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.235229  normal  0.181235 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5519  CRISPR-associated protein Cas1  29.61 
 
 
558 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4852  CRISPR-associated protein Cas1  32.77 
 
 
594 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.464981  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1870  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.7 
 
 
337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0224  CRISPR-associated protein Cas1  35.64 
 
 
323 aa  127  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.868233 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2430  CRISPR-associated protein Cas1  28.57 
 
 
330 aa  126  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0668  CRISPR-associated protein Cas1  28.25 
 
 
331 aa  126  6e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.504883  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3578  CRISPR-associated protein Cas1  27.76 
 
 
331 aa  125  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1811  CRISPR-associated Cas1 family protein  29.11 
 
 
331 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0537215  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5841  CRISPR-associated protein Cas1  30.49 
 
 
334 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5340  CRISPR-associated protein Cas1  32.32 
 
 
329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.52671 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1559  CRISPR-associated Cas1 family protein  27.76 
 
 
330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.461244  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3303  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.28 
 
 
338 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.597515  normal  0.540685 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2317  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.63 
 
 
330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1727  CRISPR-associated Cas1 family protein  27.18 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.914147 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1767  CRISPR-associated protein Cas1  32.48 
 
 
336 aa  115  7.999999999999999e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0257  CRISPR-associated Cas1 family protein  28.34 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0942  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.66 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1877  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.2 
 
 
333 aa  115  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0708  CRISPR-associated protein Cas1  35.2 
 
 
323 aa  114  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000161833  hitchhiker  0.00702489 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2297  CRISPR-associated Cas1 family protein  24.2 
 
 
330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.150876  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5081  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.56 
 
 
337 aa  112  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1289  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.32 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1449  CRISPR-associated protein Cas1  28.66 
 
 
330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3931  CRISPR-associated protein Cas1  26.49 
 
 
331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4286  CRISPR-associated protein Cas1  23.08 
 
 
330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3012  CRISPR-associated Cas1 family protein  33.12 
 
 
332 aa  109  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0160933  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2676  CRISPR-associated Cas1 family protein  31.98 
 
 
332 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0673  CRISPR-associated protein Cas1  26.3 
 
 
326 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0310  CRISPR-associated protein Cas1  24.85 
 
 
333 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.753182  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1355  CRISPR-associated Cas1 family protein  33.47 
 
 
350 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.403808  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0567  CRISPR-associated protein Cas1  31.69 
 
 
337 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.424472  normal  0.165251 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2659  CRISPR-associated protein Cas1  24.61 
 
 
330 aa  106  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1188  CRISPR-associated protein Cas1  25.71 
 
 
333 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1023  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.65 
 
 
319 aa  106  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0619  CRISPR-associated protein Cas1  25.31 
 
 
331 aa  105  9e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2838  CRISPR-associated protein Cas1  26.39 
 
 
330 aa  105  9e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.150798  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0919  CRISPR-associated protein Cas1  27.03 
 
 
330 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000247044 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1630  CRISPR-associated protein Cas1  27.36 
 
 
360 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0348  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.8 
 
 
331 aa  104  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.203751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>