More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3284 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3284  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0682203  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  59.05 
 
 		 224 aa  264  8.999999999999999e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.05 
 
 		 225 aa  260  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.83 
 
 		 226 aa  259  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3804  response regulator receiver protein  56.22 
 
 		 222 aa  256  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0687952  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.21 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3288  two component transcriptional regulator  52.57 
 
 		 272 aa  251  5.000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  54.74 
 
 		 230 aa  250  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0437  response regulator receiver protein  58.37 
 
 		 222 aa  250  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  55.17 
 
 		 224 aa  249  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.96 
 
 		 229 aa  247  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4329  two component transcriptional regulator  59.83 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.077082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  54.94 
 
 		 226 aa  244  9e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2021  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.13 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.48021  normal  0.282737 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  57.69 
 
 		 226 aa  242  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  57.69 
 
 		 226 aa  242  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  57.69 
 
 		 226 aa  242  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  54.55 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.31 
 
 		 224 aa  240  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 228 aa  238  8e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.07 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1436  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.05 
 
 		 374 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.235107  normal  0.196067 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1879  two component transcriptional regulator  56.03 
 
 		 224 aa  232  4.0000000000000004e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0517799  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6795  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.42 
 
 		 233 aa  230  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.510223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6788  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.36 
 
 		 230 aa  225  5.0000000000000005e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.241896 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 232 aa  223  3e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.52 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.52 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.07 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.52 
 
 		 225 aa  211  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  51.08 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27020  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  53.88 
 
 		 233 aa  211  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.357837 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  51.08 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.08 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.08 
 
 		 225 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.43 
 
 		 225 aa  208  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.43 
 
 		 225 aa  208  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.43 
 
 		 225 aa  208  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.43 
 
 		 225 aa  208  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 		 231 aa  208  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.57 
 
 		 231 aa  207  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.65 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.93 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 235 aa  202  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1633  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.13 
 
 		 254 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  48.7 
 
 		 232 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.13 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 235 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.35 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  48.92 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.93 
 
 		 235 aa  199  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.71 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3551  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.375493 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  48.05 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.78 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  48.7 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.55 
 
 		 229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  48.05 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  48.05 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  48.05 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  48.05 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  48.05 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  48.05 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  48.05 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.09 
 
 		 230 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 231 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1020  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.45 
 
 		 226 aa  194  8.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00378459  normal  0.248016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.39 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.39 
 
 		 234 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 232 aa  191  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 232 aa  191  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 231 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 232 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 231 aa  191  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  48.91 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 241 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10580  Response regulator  43.53 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 232 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  45.02 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  44.54 
 
 		 230 aa  188  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  45.22 
 
 		 230 aa  188  5e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3557  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.62 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.54 
 
 		 209 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  44.59 
 
 		 230 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.54 
 
 		 209 aa  188  8e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.54 
 
 		 209 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.39 
 
 		 248 aa  187  9e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>