More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3251 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 
592 aa  1162    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  67.76 
 
 
580 aa  746    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  54.69 
 
 
568 aa  551  1e-155  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  56.57 
 
 
588 aa  529  1e-149  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  46.26 
 
 
573 aa  426  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.04 
 
 
571 aa  423  1e-117  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.91 
 
 
573 aa  419  1e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.39 
 
 
567 aa  421  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  45.18 
 
 
566 aa  416  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  45 
 
 
591 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  43.16 
 
 
572 aa  414  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.08 
 
 
595 aa  376  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.44 
 
 
559 aa  373  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  42.13 
 
 
565 aa  364  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  42.04 
 
 
577 aa  352  1e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  43.21 
 
 
568 aa  352  2e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.21 
 
 
568 aa  352  2e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
566 aa  350  4e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 
579 aa  348  2e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.04 
 
 
568 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  42.36 
 
 
578 aa  347  4e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.25 
 
 
575 aa  340  5e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.77 
 
 
566 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.77 
 
 
566 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.77 
 
 
566 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  44.65 
 
 
573 aa  330  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  40.48 
 
 
536 aa  323  4e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  39.61 
 
 
556 aa  320  3.9999999999999996e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.96 
 
 
544 aa  317  5e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 
631 aa  305  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.88 
 
 
535 aa  301  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  37 
 
 
549 aa  293  4e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.73 
 
 
578 aa  294  4e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.8 
 
 
543 aa  288  1e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
568 aa  282  1e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 
525 aa  272  2e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.39 
 
 
535 aa  271  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  34.88 
 
 
543 aa  238  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 
590 aa  231  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
571 aa  217  5.9999999999999996e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 
550 aa  204  5e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  32.14 
 
 
635 aa  179  9e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  34.95 
 
 
401 aa  174  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  55.42 
 
 
392 aa  166  9e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.73 
 
 
381 aa  152  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1296  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.92 
 
 
386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
456 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  31.23 
 
 
391 aa  146  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
409 aa  137  8e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  33.2 
 
 
385 aa  118  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1421  ATPase domain-containing protein  37.88 
 
 
484 aa  115  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.595659  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
372 aa  114  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 
421 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  40.25 
 
 
373 aa  111  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
665 aa  111  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0341  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 
725 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0143238  hitchhiker  0.0051816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
828 aa  108  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  31.76 
 
 
851 aa  108  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5201  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.64 
 
 
393 aa  106  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.849708 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  29.73 
 
 
673 aa  102  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
682 aa  100  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.790064  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 
548 aa  94  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4486  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.83 
 
 
582 aa  92.8  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1992  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
574 aa  92  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0873865  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
544 aa  91.3  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5592  sensor histidine kinase  22.78 
 
 
523 aa  89.7  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  29.9 
 
 
795 aa  89.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5536  sensor histidine kinase  22.84 
 
 
523 aa  89  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2289  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
372 aa  89  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.25894e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2047  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
372 aa  89  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.362734  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2045  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
372 aa  89.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2108  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
372 aa  88.6  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2264  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
365 aa  88.6  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.361221  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 
602 aa  88.2  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5541  sensor histidine kinase, putative  23.26 
 
 
523 aa  87  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2244  sensor histidine kinase  25.36 
 
 
372 aa  87  9e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.47 
 
 
545 aa  87  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3079  sensor histidine kinase  24.64 
 
 
372 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000507367 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5092  two-component sensor protein  23.26 
 
 
523 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 
545 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18330  histidine kinase  32.73 
 
 
382 aa  86.3  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5507  sensor histidine kinase  23.26 
 
 
523 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2292  sensor histidine kinase  23.74 
 
 
365 aa  84.7  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3354  histidine kinase  33.88 
 
 
555 aa  84.7  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5416  sensor histidine kinase  23.56 
 
 
516 aa  84.7  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.97 
 
 
756 aa  83.6  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.13 
 
 
464 aa  83.6  0.000000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2374  sensor histidine kinase  24.81 
 
 
372 aa  83.6  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0968027  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.25 
 
 
594 aa  83.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
352 aa  82.4  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1809  histidine kinase  32.14 
 
 
640 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5109  sensor histidine kinase  22.3 
 
 
523 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0789  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
469 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 
710 aa  81.6  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  26.39 
 
 
785 aa  80.9  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  26.69 
 
 
719 aa  80.9  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  22.42 
 
 
523 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33000  PAS domain S-box  25.54 
 
 
547 aa  79.7  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.569309  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
658 aa  79.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>