More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3218 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3218  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  649    Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1917  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  571  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2288  regulatory protein GntR HTH  62.77 
 
 		 277 aa  258  9e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00127376  normal  0.752795 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  65.43 
 
 		 281 aa  243  3e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  42.04 
 
 		 265 aa  173  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  39.59 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  41.63 
 
 		 263 aa  153  5e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 246 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  40.93 
 
 		 263 aa  149  6e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  36.25 
 
 		 259 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 261 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  32.77 
 
 		 258 aa  117  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  32.63 
 
 		 257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  47.97 
 
 		 275 aa  105  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  31.39 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 279 aa  89.4  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 247 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6851  regulatory protein GntR HTH  33.2 
 
 		 271 aa  86.7  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.25835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.4 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  30.73 
 
 		 255 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2520  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  28.11 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.26 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  28.26 
 
 		 242 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  29.48 
 
 		 266 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  26.36 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  41.18 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  25.58 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  31.82 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  26.72 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  26.72 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  24.35 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  26.72 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 490 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  27.73 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  31.72 
 
 		 251 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  27.73 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  27.66 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.3 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  27.66 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  27.66 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  32.43 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  24.89 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  27.43 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  27.66 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  27.23 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  30.27 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  26.91 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 255 aa  72.4  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 282 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  26.05 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  26 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  25.61 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  29.09 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  25.61 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  26.32 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2591  GntR domain protein  28.38 
 
 		 501 aa  70.5  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00937291  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  26.32 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  26.32 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  26.32 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3597  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.010454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  27.43 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  26.32 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  26.32 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  27.83 
 
 		 259 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 278 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  26.34 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3843  GntR domain protein  30.68 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1674  GntR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 246 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  31.32 
 
 		 258 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  30.12 
 
 		 236 aa  67  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.05 
 
 		 259 aa  67  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  25.55 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  25.11 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  28.71 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  27.04 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>