More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3208 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  100 
 
 		 225 aa  425  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  70 
 
 		 187 aa  209  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  61.96 
 
 		 171 aa  191  6e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  59.14 
 
 		 183 aa  181  7e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  57.67 
 
 		 172 aa  179  4e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  58.18 
 
 		 167 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  57.32 
 
 		 166 aa  173  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  58.28 
 
 		 172 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  56.71 
 
 		 165 aa  171  6.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  54.75 
 
 		 519 aa  165  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  58.6 
 
 		 192 aa  161  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  58.08 
 
 		 173 aa  158  6e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  53.29 
 
 		 187 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  57.79 
 
 		 167 aa  150  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  50.31 
 
 		 171 aa  146  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  52.5 
 
 		 577 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  57.67 
 
 		 167 aa  144  8.000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  47.62 
 
 		 176 aa  144  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  51.52 
 
 		 180 aa  144  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  52.29 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  44.51 
 
 		 181 aa  132  3e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  52.44 
 
 		 179 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  48.78 
 
 		 176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  45.73 
 
 		 220 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  46.34 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  46.34 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  46.34 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  46.06 
 
 		 220 aa  125  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  50 
 
 		 185 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  44.44 
 
 		 206 aa  115  6e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  47.33 
 
 		 179 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  44.22 
 
 		 190 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  46.71 
 
 		 173 aa  111  8.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  40 
 
 		 186 aa  105  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  42.94 
 
 		 591 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  45.39 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  39.44 
 
 		 186 aa  104  9e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  45.58 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  42.11 
 
 		 552 aa  102  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  39.23 
 
 		 195 aa  102  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  41.61 
 
 		 593 aa  102  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  48.98 
 
 		 178 aa  101  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  41.11 
 
 		 182 aa  101  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  39.05 
 
 		 171 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  46.26 
 
 		 184 aa  101  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  40.13 
 
 		 163 aa  101  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  47.62 
 
 		 178 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  44.22 
 
 		 594 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  38.18 
 
 		 180 aa  100  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  44.14 
 
 		 184 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  38.42 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  46.26 
 
 		 190 aa  99.8  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  34.81 
 
 		 180 aa  99.8  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.71 
 
 		 172 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.12 
 
 		 182 aa  99.4  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  45.64 
 
 		 192 aa  99  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  41.57 
 
 		 172 aa  99  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  34.81 
 
 		 180 aa  99  6e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  34.39 
 
 		 172 aa  98.6  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  40.96 
 
 		 182 aa  98.6  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  42.42 
 
 		 169 aa  98.6  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  40.85 
 
 		 167 aa  98.2  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  41.22 
 
 		 179 aa  97.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.26 
 
 		 174 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  40.99 
 
 		 579 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  43.87 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  38.41 
 
 		 171 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  39.02 
 
 		 171 aa  97.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  44.9 
 
 		 199 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  41.61 
 
 		 180 aa  97.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  46.43 
 
 		 169 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  40.13 
 
 		 172 aa  96.3  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  41.62 
 
 		 183 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  39.77 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2010  Shikimate kinase  37.5 
 
 		 189 aa  95.9  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  45.89 
 
 		 172 aa  96.3  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  38.82 
 
 		 180 aa  95.9  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  41.72 
 
 		 179 aa  96.3  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  44.9 
 
 		 209 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  44.9 
 
 		 184 aa  95.5  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  44.22 
 
 		 174 aa  95.9  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  38.41 
 
 		 171 aa  95.9  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  43.75 
 
 		 163 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.8 
 
 		 171 aa  95.9  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  44.9 
 
 		 177 aa  95.5  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  41.03 
 
 		 172 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  41.03 
 
 		 172 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  44.9 
 
 		 177 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  41.67 
 
 		 172 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  44.9 
 
 		 177 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  44.9 
 
 		 177 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  44.9 
 
 		 177 aa  95.5  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  43.05 
 
 		 179 aa  95.1  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  44.6 
 
 		 191 aa  94.7  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  40.37 
 
 		 579 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.16 
 
 		 172 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  44.9 
 
 		 184 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  41.22 
 
 		 173 aa  94.4  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  44.9 
 
 		 183 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  45.58 
 
 		 184 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>