More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3188 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3188  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
236 aa  468  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000178171  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1721  ribulose-phosphate 3-epimerase  85.64 
 
 
254 aa  344  8e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.56384  hitchhiker  0.00217715 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0858  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.64 
 
 
223 aa  262  3e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.410208  normal  0.0437061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3728  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.38 
 
 
225 aa  262  4e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0237656  normal  0.0198075 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2689  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.45 
 
 
234 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2426  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.67 
 
 
224 aa  255  5e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916461  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2385  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.67 
 
 
224 aa  255  5e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.177912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2432  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.67 
 
 
224 aa  255  5e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.838808  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5220  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.52 
 
 
216 aa  254  6e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238745  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3105  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.78 
 
 
231 aa  254  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.486623  normal  0.395084 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2352  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.36 
 
 
229 aa  252  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117737  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2830  Ribulose-phosphate 3-epimerase  62.96 
 
 
218 aa  249  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11437  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.36 
 
 
232 aa  247  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00955646  normal  0.147382 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3114  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.68 
 
 
224 aa  247  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1370  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.43 
 
 
219 aa  244  6.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.152039  normal  0.078192 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2564  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.19 
 
 
228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1276  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  64.98 
 
 
229 aa  240  1e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0486959  normal  0.303608 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15700  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.02 
 
 
228 aa  238  5.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4153  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.82 
 
 
222 aa  236  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0034722  normal  0.0178041 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1077  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.1 
 
 
222 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0368632  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10820  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.45 
 
 
223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00879281  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2997  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.35 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.240589  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1872  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.42 
 
 
226 aa  225  5.0000000000000005e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2592  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.75 
 
 
219 aa  223  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.177423 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2446  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.83 
 
 
220 aa  223  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1865  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.96 
 
 
226 aa  221  6e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18110  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.02 
 
 
220 aa  220  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.562639 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1667  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.36 
 
 
226 aa  220  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.25106e-16 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1673  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.25 
 
 
230 aa  218  6e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.442392  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1725  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.03 
 
 
220 aa  217  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0183458  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1311  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
240 aa  208  6e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.294333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1857  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.36 
 
 
241 aa  208  7e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.355475  normal  0.402345 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.81 
 
 
221 aa  207  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.115968  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2050  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.85 
 
 
221 aa  201  9.999999999999999e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.32 
 
 
223 aa  199  3e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0231785  normal  0.0116458 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
214 aa  198  6e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.16 
 
 
221 aa  198  6e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.16 
 
 
221 aa  198  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  9e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
221 aa  196  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
214 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
221 aa  194  8.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.28 
 
 
218 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
221 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
218 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0480  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
222 aa  192  3e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0249327  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
221 aa  192  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
221 aa  191  6e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.07 
 
 
218 aa  190  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0803  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
221 aa  189  2e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
224 aa  189  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
219 aa  190  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.86 
 
 
216 aa  189  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.81 
 
 
247 aa  188  7e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
221 aa  187  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.05 
 
 
235 aa  187  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.05 
 
 
235 aa  186  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  39.27 
 
 
220 aa  186  4e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.7 
 
 
239 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.5 
 
 
238 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.95 
 
 
221 aa  184  9e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.19 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.87 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.19 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0743  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.71 
 
 
226 aa  182  5.0000000000000004e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000598804 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.55 
 
 
227 aa  182  6e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.05 
 
 
236 aa  181  7e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
224 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
224 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.81 
 
 
219 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
225 aa  180  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  38.89 
 
 
217 aa  179  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  40.99 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50761  D-ribulose-5-phosphate 3- epimerase  40.81 
 
 
232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.52 
 
 
231 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1510  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.6 
 
 
232 aa  178  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000472426  decreased coverage  0.0000666279 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.08 
 
 
232 aa  178  5.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.03 
 
 
230 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.28 
 
 
221 aa  178  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.72 
 
 
224 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.72 
 
 
224 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.25 
 
 
219 aa  177  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  37.96 
 
 
217 aa  177  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.23 
 
 
218 aa  177  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.93 
 
 
223 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.67 
 
 
220 aa  176  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.67 
 
 
220 aa  176  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.53 
 
 
223 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0584  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.99 
 
 
236 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.821706  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.08 
 
 
224 aa  176  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>