145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3113 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3113  response regulator receiver protein  100 
 
 		 142 aa  285  2e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.630286  normal  0.351657 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1805  response regulator receiver protein  70.5 
 
 		 168 aa  195  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1371  response regulator receiver protein  54.26 
 
 		 136 aa  146  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1023  putative response regulator  53.6 
 
 		 143 aa  142  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.130012  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3136  response regulator receiver protein  53.44 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3064  response regulator receiver protein  55.28 
 
 		 132 aa  139  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0048778  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10660  hypothetical protein  53.33 
 
 		 136 aa  139  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0965  response regulator receiver protein  54.84 
 
 		 135 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.206702 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2678  response regulator receiver protein  54.1 
 
 		 138 aa  130  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.858838 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1297  response regulator receiver protein  55.93 
 
 		 131 aa  127  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3132  hypothetical protein  49.59 
 
 		 139 aa  127  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3339  putative two-component system response regulator  49.63 
 
 		 138 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1674  response regulator receiver protein  49.22 
 
 		 140 aa  124  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13164  response regulator  47.15 
 
 		 133 aa  123  9e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1581  response regulator receiver protein  47.97 
 
 		 134 aa  120  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.996802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1605  response regulator receiver protein  47.97 
 
 		 134 aa  120  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1551  response regulator receiver protein  47.97 
 
 		 134 aa  120  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0910049  normal  0.450079 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4480  response regulator receiver protein  49.59 
 
 		 136 aa  120  7e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00179886 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3247  response regulator receiver protein  43.31 
 
 		 163 aa  118  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00187591  hitchhiker  0.0000878109 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4121  response regulator receiver protein  45.16 
 
 		 131 aa  117  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1886  response regulator receiver protein  47.15 
 
 		 139 aa  117  6e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734849 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1893  response regulator receiver protein  46.34 
 
 		 151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127088  hitchhiker  0.00000556231 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0402  hypothetical protein  45 
 
 		 135 aa  111  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3529  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 131 aa  111  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000118426 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3297  hypothetical protein  45.16 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.257585  normal  0.158078 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15720  hypothetical protein  45 
 
 		 146 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.415712  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3167  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2074  response regulator receiver protein  49.59 
 
 		 138 aa  104  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2007  response regulator receiver protein  46.22 
 
 		 139 aa  94.4  5e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.270937  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1445  response regulator receiver protein  43.44 
 
 		 139 aa  91.7  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0798092  normal  0.329727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1606  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00543423  hitchhiker  0.0000000112462 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3709  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000227696  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3288  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0366247  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3620  DNA-binding response regulator  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0597824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3396  DNA-binding response regulator  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000765328  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3358  transcriptional regulatory protein  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000200566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3308  transcriptional regulatory protein  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000872353  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3612  DNA-binding response regulator  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.20142e-22 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3661  DNA-binding response regulator  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3627  DNA-binding response regulator  32.58 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2250  two component transcriptional regulator  32.58 
 
 		 225 aa  53.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000295266  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  28.8 
 
 		 230 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2180  DNA-binding response regulator  30.47 
 
 		 223 aa  51.6  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0299585  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1891  DNA-binding response regulator  30.47 
 
 		 223 aa  51.2  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0659  response regulator receiver  31.19 
 
 		 265 aa  49.7  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 236 aa  50.1  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  28.57 
 
 		 1404 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 934 aa  47.4  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  30.71 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2911  two component transcriptional regulator  29.59 
 
 		 228 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4969  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4707  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4546  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4564  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5068  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4937  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0035  two component transcriptional regulator  32.08 
 
 		 236 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475833  normal  0.306601 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 232 aa  45.4  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4932  DNA-binding response regulator  34.41 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  30.71 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3157  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 266 aa  44.7  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 246 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  27.13 
 
 		 1324 aa  44.7  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  30.43 
 
 		 1340 aa  44.3  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 457 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 457 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4646  two component transcriptional regulator  31.07 
 
 		 229 aa  44.7  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3968  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0804  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 		 663 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.296509  normal  0.022202 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  29.03 
 
 		 1355 aa  43.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  24 
 
 		 1374 aa  43.5  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02061  two-component response regulator  28.47 
 
 		 248 aa  43.5  0.0009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.540525 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4608  response regulator receiver protein  27.36 
 
 		 139 aa  43.5  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.360266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4687  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.21 
 
 		 230 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000280381  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.21 
 
 		 225 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  30.56 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0703  two component transcriptional regulator  32.98 
 
 		 237 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4483  two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 226 aa  43.5  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.759432  decreased coverage  0.000734691 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 226 aa  43.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3661  response regulator receiver protein  28.8 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 1349 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.71 
 
 		 457 aa  43.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 457 aa  42.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 231 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  28.35 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1500  two component transcriptional regulator  27.74 
 
 		 248 aa  42.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  30.85 
 
 		 470 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0136  two component transcriptional regulator  27.64 
 
 		 248 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01511  two-component response regulator  27.64 
 
 		 248 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26531  two-component response regulator  28.26 
 
 		 248 aa  42.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  30.56 
 
 		 227 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0601  response regulator receiver protein  28.69 
 
 		 265 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4952  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 229 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>