More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2925 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 310 aa  599  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  61.6 
 
 		 271 aa  305  9.000000000000001e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3627  HpcH/HpaI aldolase  62.36 
 
 		 272 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0858993  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3632  HpcH/HpaI aldolase  62.36 
 
 		 272 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  60.22 
 
 		 277 aa  294  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  62.36 
 
 		 272 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  60.85 
 
 		 282 aa  292  5e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  58.08 
 
 		 267 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  62.4 
 
 		 273 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3317  Citrate (pro-3S)-lyase  58.87 
 
 		 280 aa  273  2.0000000000000002e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1409  HpcH/HpaI aldolase  61.05 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000390566 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  54.72 
 
 		 295 aa  260  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  58.91 
 
 		 296 aa  239  5e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  51.5 
 
 		 275 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06890  citrate lyase beta subunit  54.55 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2104  HpcH/HpaI aldolase  56.49 
 
 		 285 aa  215  7e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.87307  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3848  HpcH/HpaI aldolase  55.94 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  39.41 
 
 		 278 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  40.29 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  38.24 
 
 		 275 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  38.26 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  42.42 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  37.72 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  37.72 
 
 		 292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.98 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  34.15 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.36 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  39.57 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  41.11 
 
 		 273 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  38.66 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.36 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.36 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.36 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.77 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  40 
 
 		 278 aa  134  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  39.51 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  40.6 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  38.11 
 
 		 270 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  40.64 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  40.65 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  40.64 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  39.77 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  36.47 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  36.4 
 
 		 282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  36.96 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  36.84 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  40.59 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  38.77 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  39.1 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  41.76 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  41.45 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  35.66 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  38.41 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.57 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  39.56 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.41 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  40.73 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 		 280 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.41 
 
 		 280 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  34.2 
 
 		 277 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  37.31 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0092  HpcH/HpaI aldolase  35.15 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  36.59 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  34.41 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  34.41 
 
 		 282 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  35.64 
 
 		 274 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  34.27 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  39.63 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  43.02 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  35.74 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  31.8 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  35.84 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  34.04 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  31.67 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2324  Citrate (pro-3S)-lyase  39.57 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  33.09 
 
 		 276 aa  119  7e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  34.87 
 
 		 269 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  40 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.14 
 
 		 285 aa  119  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  41.76 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  34.78 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  38.72 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  38.72 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  36.23 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  39.31 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  32.13 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  40.22 
 
 		 266 aa  116  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  35.02 
 
 		 285 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  35.59 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  34.63 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  35.59 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  33.1 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  33.1 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  31.67 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  36.2 
 
 		 288 aa  112  7.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  34.83 
 
 		 295 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  31.8 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  40.14 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0293  HpcH/HpaI aldolase  39.44 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0333809  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  32.97 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.402686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>