More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2894 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  100 
 
 		 613 aa  1247    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2442  hypothetical protein  91.86 
 
 		 160 aa  157  4e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.434675  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  33.58 
 
 		 488 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  33.83 
 
 		 487 aa  152  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 		 459 aa  139  1e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 		 472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 473 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 		 489 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.61 
 
 		 472 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 		 471 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 1288 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  27.96 
 
 		 553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  30.54 
 
 		 573 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.76 
 
 		 472 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 		 520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 		 470 aa  110  6e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.08 
 
 		 677 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  30.74 
 
 		 572 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 		 520 aa  108  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.36 
 
 		 554 aa  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  31.51 
 
 		 577 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.77 
 
 		 548 aa  106  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.44 
 
 		 681 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 441 aa  105  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.54 
 
 		 426 aa  104  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 		 533 aa  104  5e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.45 
 
 		 441 aa  104  6e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 		 461 aa  103  6e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.66 
 
 		 459 aa  101  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.97 
 
 		 444 aa  100  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.37 
 
 		 524 aa  100  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  27.1 
 
 		 450 aa  99.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 		 647 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 		 494 aa  100  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 		 451 aa  99.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.69 
 
 		 647 aa  99  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26 
 
 		 521 aa  99.4  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.07 
 
 		 494 aa  98.6  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.98 
 
 		 651 aa  98.6  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  26.09 
 
 		 563 aa  97.8  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  26.69 
 
 		 647 aa  97.4  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.69 
 
 		 651 aa  97.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.69 
 
 		 651 aa  97.1  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.69 
 
 		 647 aa  97.1  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.69 
 
 		 647 aa  97.1  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.3 
 
 		 567 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.06 
 
 		 564 aa  96.3  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 		 507 aa  96.3  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 576 aa  96.3  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 518 aa  95.5  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.31 
 
 		 485 aa  95.1  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  33.48 
 
 		 531 aa  95.1  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 528 aa  95.1  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  23.97 
 
 		 484 aa  95.1  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.43 
 
 		 674 aa  95.1  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 		 529 aa  94.7  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.55 
 
 		 512 aa  94  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.53 
 
 		 494 aa  92.8  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.53 
 
 		 494 aa  92.8  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  27.65 
 
 		 681 aa  92.4  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 		 489 aa  92.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.61 
 
 		 484 aa  92  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  24.36 
 
 		 576 aa  91.3  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 		 498 aa  90.9  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  24.67 
 
 		 618 aa  90.9  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 		 502 aa  90.9  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  28.08 
 
 		 475 aa  90.5  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 		 424 aa  90.9  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.12 
 
 		 534 aa  90.5  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.02 
 
 		 475 aa  89.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 		 444 aa  89.7  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.62 
 
 		 501 aa  89.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 		 564 aa  89.7  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 723 aa  89.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  24.15 
 
 		 566 aa  89.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 462 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.31 
 
 		 583 aa  89  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 		 424 aa  89  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 556 aa  88.6  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  23.27 
 
 		 552 aa  89  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 499 aa  88.6  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 468 aa  88.2  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 		 426 aa  88.2  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  26.71 
 
 		 497 aa  88.2  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  28.24 
 
 		 470 aa  87.8  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.52 
 
 		 580 aa  87.4  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.1 
 
 		 565 aa  87.4  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  31.45 
 
 		 460 aa  87  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25 
 
 		 425 aa  87  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 461 aa  87  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.43 
 
 		 479 aa  87  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.43 
 
 		 479 aa  87  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.04 
 
 		 569 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.09 
 
 		 478 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 476 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  22.62 
 
 		 488 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 		 459 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  27.02 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.07 
 
 		 476 aa  84  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 520 aa  83.2  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>