130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2795 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2795  copper resistance D  100 
 
 
736 aa  1405    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2471  copper resistance D domain-containing protein  62.13 
 
 
719 aa  677    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.812246  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2572  membrane protein-like protein  42.08 
 
 
678 aa  436  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.886769 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1244  copper resistance D domain-containing protein  43.13 
 
 
664 aa  424  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.774538  normal  0.0784531 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0963  hypothetical protein  42.31 
 
 
692 aa  409  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0463859  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3124  copper resistance D domain protein  42.31 
 
 
681 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.638358  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0625  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  40.5 
 
 
731 aa  403  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0427977  normal  0.664507 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0172  copper resistance D domain-containing protein  41.84 
 
 
651 aa  397  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11750  predicted membrane protein  38.72 
 
 
651 aa  395  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.411615 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0186  copper resistance D domain-containing protein  41.84 
 
 
679 aa  386  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295959 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3717  copper resistance D domain protein  36.98 
 
 
718 aa  387  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1122  copper resistance D domain protein  39.94 
 
 
687 aa  385  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3915  copper resistance D domain-containing protein  36.12 
 
 
718 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6178  copper resistance D domain-containing protein  38.87 
 
 
691 aa  374  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2024  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  38.14 
 
 
675 aa  366  1e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4446  copper resistance D domain-containing protein  39.07 
 
 
697 aa  350  6e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3622  copper resistance D domain-containing protein  38.16 
 
 
665 aa  341  4e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1809  copper resistance D domain protein  38.07 
 
 
686 aa  340  4e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00146135  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3617  copper resistance D  38.01 
 
 
665 aa  339  9e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3690  copper resistance D domain-containing protein  38.01 
 
 
665 aa  339  9e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3955  copper resistance D domain protein  38.27 
 
 
722 aa  330  6e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.58708  normal  0.101965 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19110  predicted membrane protein  34.69 
 
 
752 aa  328  3e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00604286  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4073  copper resistance D domain-containing protein  38.71 
 
 
672 aa  320  5e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794001  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4275  copper resistance D domain protein  41.71 
 
 
671 aa  320  9e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.978208  normal  0.70457 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16830  predicted membrane protein  40.89 
 
 
708 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0178654 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35680  predicted membrane protein  39.22 
 
 
708 aa  314  3.9999999999999997e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2566  copper resistance D domain-containing protein  38.76 
 
 
676 aa  313  7.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.420884 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4566  putative copper resistance protein D  35.29 
 
 
739 aa  302  2e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3220  copper resistance D domain protein  38.21 
 
 
711 aa  299  1e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2448  copper resistance D domain protein  34.78 
 
 
687 aa  282  2e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.020578 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3374  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  38.85 
 
 
683 aa  279  1e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0136248  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10103  integral membrane protein  45.71 
 
 
661 aa  271  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26540  predicted membrane protein  33.99 
 
 
631 aa  265  2e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.280194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2770  copper resistance D domain protein  35.05 
 
 
632 aa  263  6.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00801139  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21870  predicted membrane protein  34.84 
 
 
671 aa  253  8.000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3692  copper resistance D domain-containing protein  32.65 
 
 
642 aa  252  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2826  copper resistance D domain-containing protein  33.69 
 
 
646 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.169326  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5682  copper resistance D domain-containing protein  33.17 
 
 
641 aa  240  8e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.50669 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5328  copper resistance D domain-containing protein  33.17 
 
 
641 aa  240  8e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.102981  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5367  copper resistance D domain-containing protein  33.17 
 
 
637 aa  236  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.164782  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2617  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  40.69 
 
 
654 aa  214  5.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1675  hypothetical protein  44.67 
 
 
310 aa  213  7.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1345  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  44.26 
 
 
319 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0477592  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3133  hypothetical protein  42.39 
 
 
328 aa  205  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1123  integral membrane protein  46.37 
 
 
319 aa  204  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3296  hypothetical protein  43.21 
 
 
322 aa  197  9e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.252949  normal  0.179007 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3528  hypothetical protein  41.44 
 
 
322 aa  189  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000675219 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3816  copper resistance D domain protein  37.32 
 
 
651 aa  173  7.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.733189  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0074  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  28.05 
 
 
613 aa  162  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4448  hypothetical protein  38.93 
 
 
322 aa  160  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5665  hypothetical protein  34.86 
 
 
331 aa  158  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5346  hypothetical protein  34.86 
 
 
331 aa  158  4e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3709  hypothetical protein  35.97 
 
 
326 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2813  hypothetical protein  35.62 
 
 
331 aa  157  8e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4532  copper resistance D domain protein  32.3 
 
 
653 aa  154  5e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.405596 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5381  hypothetical protein  36.68 
 
 
308 aa  153  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0092  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  36.33 
 
 
307 aa  142  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2497  putative copper resistance protein D  33.82 
 
 
394 aa  140  7.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128305  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1987  putative copper resistance protein D  33.7 
 
 
354 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2207  hypothetical protein  30.7 
 
 
387 aa  110  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2901  hypothetical protein  32.13 
 
 
277 aa  100  7e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.104902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3119  hypothetical protein  32.13 
 
 
277 aa  100  7e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2871  hypothetical protein  31.5 
 
 
277 aa  100  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.016033  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3122  hypothetical protein  31.1 
 
 
277 aa  100  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3144  hypothetical protein  29.27 
 
 
265 aa  97.8  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.258333  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2828  hypothetical protein  29.84 
 
 
274 aa  96.3  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.266465  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1131  integral membrane protein  29.21 
 
 
327 aa  90.1  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2485  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  29.31 
 
 
326 aa  82.4  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.583606  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0081  hypothetical protein  30.52 
 
 
254 aa  82  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17480  hypothetical protein  33.72 
 
 
273 aa  78.2  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.870932  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1098  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  40.23 
 
 
246 aa  71.6  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.69968  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1898  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  29.67 
 
 
290 aa  70.5  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.903451  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6848  hypothetical protein  28.62 
 
 
343 aa  65.1  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0108  membrane protein-like protein  27.21 
 
 
270 aa  65.1  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25350  putative copper export protein  26.23 
 
 
604 aa  63.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.517394  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4137  hypothetical protein  29.18 
 
 
315 aa  62.4  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0485856  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2267  membrane protein-like protein  29.71 
 
 
265 aa  61.6  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3554  membrane protein-like protein  29.31 
 
 
264 aa  61.6  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.149309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0040  copper resistance D domain protein  34.29 
 
 
339 aa  61.2  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4602  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  25.79 
 
 
309 aa  61.2  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0855  putative inner membrane protein  27.17 
 
 
296 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2884  putative inner membrane protein  26.53 
 
 
289 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.712749  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1238  putative inner membrane protein  26.83 
 
 
294 aa  56.2  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3552  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  38.92 
 
 
291 aa  56.6  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.223965  normal  0.817267 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00580  putative copper export protein  29.95 
 
 
343 aa  55.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0706587  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0562  hypothetical protein  27.06 
 
 
266 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.522678  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2875  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.9  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2447  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.9  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2834  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.9  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.395343  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2760  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.9  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2819  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.9  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286067  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1770  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.9  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1749  hypothetical protein  27.06 
 
 
290 aa  53.1  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.185499  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1917  hypothetical protein  32.98 
 
 
549 aa  52  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0603122  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3426  hypothetical protein  32.98 
 
 
547 aa  52  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270494  hitchhiker  0.000000170591 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1375  copper resistance protein D  34.78 
 
 
291 aa  51.6  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3278  membrane protein  27.54 
 
 
280 aa  50.8  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2033  copper resistance protein D  34.78 
 
 
291 aa  50.8  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.18455 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1731  copper resistance protein  30.85 
 
 
547 aa  50.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2426  copper resistance D  36.67 
 
 
539 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441884  normal  0.0848378 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>