41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2538 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 434 aa  856    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  56.22 
 
 		 503 aa  441  9.999999999999999e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  33.48 
 
 		 503 aa  170  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  34.88 
 
 		 473 aa  116  8.999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  30.97 
 
 		 503 aa  104  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  31.8 
 
 		 484 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  31.1 
 
 		 519 aa  102  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  30.74 
 
 		 519 aa  102  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  28.99 
 
 		 537 aa  93.6  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  36.95 
 
 		 400 aa  92  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  29.45 
 
 		 432 aa  86.7  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.37 
 
 		 418 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  29.67 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0917  hypothetical protein  30.11 
 
 		 342 aa  80.9  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  28.84 
 
 		 431 aa  74.3  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  28.52 
 
 		 400 aa  71.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  33.7 
 
 		 363 aa  64.7  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2887  hypothetical protein  54 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00393929  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  31.54 
 
 		 288 aa  59.3  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  25.45 
 
 		 524 aa  57  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 449 aa  56.6  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 530 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  28.81 
 
 		 477 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  25.5 
 
 		 526 aa  53.1  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  26.33 
 
 		 449 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  24.55 
 
 		 457 aa  50.8  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2698  hypothetical protein  29.11 
 
 		 514 aa  50.4  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.570232 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 388 aa  50.4  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  26.22 
 
 		 554 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  26.32 
 
 		 468 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0264  hypothetical protein  27.46 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  24.24 
 
 		 412 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 412 aa  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  31.65 
 
 		 487 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  27.8 
 
 		 401 aa  47  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  28.03 
 
 		 478 aa  46.6  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  25.46 
 
 		 433 aa  46.6  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  30.2 
 
 		 405 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 		 463 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  26.74 
 
 		 447 aa  43.5  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>