More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2421 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
432 aa  849    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  61.9 
 
 
411 aa  457  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  58.88 
 
 
403 aa  446  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  46.85 
 
 
422 aa  334  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  44.99 
 
 
447 aa  304  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  42.86 
 
 
442 aa  263  4.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.35 
 
 
475 aa  263  6e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.75 
 
 
409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  37.4 
 
 
413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 
425 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.72 
 
 
710 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.62 
 
 
750 aa  215  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
454 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.93 
 
 
703 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  31.1 
 
 
429 aa  199  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.11 
 
 
419 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.77 
 
 
419 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  44.1 
 
 
402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  39.13 
 
 
485 aa  166  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.91 
 
 
385 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  40.44 
 
 
475 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  42.99 
 
 
410 aa  159  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.59 
 
 
407 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  36.31 
 
 
447 aa  157  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  40.09 
 
 
375 aa  153  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  40.93 
 
 
352 aa  147  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  41.07 
 
 
378 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  38.89 
 
 
443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 
883 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  42.72 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
378 aa  133  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  38.7 
 
 
456 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
366 aa  130  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.54 
 
 
878 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
475 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 
753 aa  123  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  33.6 
 
 
392 aa  123  8e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  37.83 
 
 
453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.51 
 
 
592 aa  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  39.2 
 
 
244 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.33 
 
 
284 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  35.98 
 
 
372 aa  117  3e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.47 
 
 
797 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.39 
 
 
676 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
606 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.78 
 
 
590 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0819  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.67 
 
 
793 aa  114  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00766455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
627 aa  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  34.39 
 
 
254 aa  112  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 
773 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.89 
 
 
584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.44 
 
 
535 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
613 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  34.05 
 
 
262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
536 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 
717 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  33.18 
 
 
601 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
584 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.78 
 
 
526 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 
583 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  39.81 
 
 
378 aa  110  6e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.05 
 
 
584 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
583 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
585 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 
896 aa  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.665756  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
585 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  35.45 
 
 
259 aa  109  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 
708 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0985963  normal  0.64703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.18 
 
 
582 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
585 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
585 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
766 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.98 
 
 
283 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.77 
 
 
351 aa  108  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.97 
 
 
868 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
786 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.91 
 
 
357 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.21 
 
 
437 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.1 
 
 
736 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.93 
 
 
596 aa  107  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 
442 aa  107  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 
581 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.16 
 
 
580 aa  106  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 
379 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.02 
 
 
954 aa  106  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  31.02 
 
 
954 aa  106  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.53 
 
 
265 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
250 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.3 
 
 
598 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  30.64 
 
 
258 aa  106  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  33.18 
 
 
263 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.87 
 
 
632 aa  106  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.87 
 
 
239 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 
616 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.32 
 
 
306 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  31.72 
 
 
584 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.84 
 
 
785 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>