More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1929 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1929  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
648 aa  1259    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.362101  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3965  AMP-dependent synthetase and ligase  55.73 
 
 
613 aa  535  1e-150  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.666614  normal  0.454806 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 
534 aa  303  9e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.586249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 
580 aa  300  5e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0198968 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2145  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 
958 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2875  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 
958 aa  281  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0255103  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8079  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 
949 aa  279  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  unclonable  0.00339839  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  33.95 
 
 
947 aa  276  8e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0626569  normal  0.797277 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2129  acyltransferase family protein  30.68 
 
 
852 aa  266  1e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0194  acyl-CoA synthetase  30.68 
 
 
936 aa  263  8e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4183  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
586 aa  263  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2049  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 
547 aa  260  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.998714  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3393  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 
942 aa  251  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0997952  normal  0.240157 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3458  amino acid adenylation domain protein  34.72 
 
 
2250 aa  249  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000913323 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1168  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.78 
 
 
629 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7006  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 
962 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96639  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2736  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 
611 aa  243  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2559  acyl-CoA synthetase  32.45 
 
 
574 aa  242  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0309025 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6170  thioester reductase domain protein  33.51 
 
 
1067 aa  240  5e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701835  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2770  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 
584 aa  240  5.999999999999999e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0418  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 
586 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0009  amino acid adenylation  34.33 
 
 
2791 aa  239  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0712365 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0821  acyl-CoA synthetase  31.82 
 
 
585 aa  239  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3193  Beta-ketoacyl synthase  29.53 
 
 
3099 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.11 
 
 
629 aa  236  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1945  peptide synthase  33.33 
 
 
4336 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0417  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 
586 aa  234  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.393755  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0389  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 
586 aa  233  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25650  peptide synthase  36.72 
 
 
4318 aa  232  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1972  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
614 aa  232  2e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.848837 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5392  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.15 
 
 
629 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.117566 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1832  amino acid adenylation  32.41 
 
 
1801 aa  231  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5099  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.14 
 
 
629 aa  231  4e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.383876  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5011  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.14 
 
 
629 aa  231  4e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.934148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3562  peptide synthase  33.8 
 
 
4317 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2108  amino acid adenylation domain-containing protein  31.31 
 
 
2820 aa  230  6e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4108  Beta-ketoacyl synthase  30.67 
 
 
1656 aa  229  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.307999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3399  amino acid adenylation domain protein  30.5 
 
 
7122 aa  229  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.163726 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2295  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 
839 aa  229  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5757  amino acid adenylation domain protein  29.87 
 
 
2997 aa  229  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3181  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 
596 aa  229  1e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.111663 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02851  putative saframycin Mx1 synthetase B  30.16 
 
 
576 aa  229  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000692091  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3442  acyl-CoA synthetase  30.62 
 
 
576 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02801  hypothetical protein  30.16 
 
 
573 aa  229  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000478815  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2154  hypothetical protein  30.28 
 
 
581 aa  227  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3260  acyl-CoA synthetase  30.2 
 
 
563 aa  226  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4243  peptide synthase  34.15 
 
 
4317 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13835  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.53 
 
 
637 aa  225  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.331415  normal  0.284181 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3155  acyl-CoA synthetase  29.98 
 
 
576 aa  225  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1624  peptide synthase  33.73 
 
 
4317 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3809  peptide synthase  33.44 
 
 
4317 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2181  hypothetical protein  29.88 
 
 
581 aa  224  4.9999999999999996e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6493  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 
600 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.679743  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4756  amino acid adenylation domain-containing protein  34.4 
 
 
1789 aa  223  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171459  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0549  AMP-binding domain-containing protein  33.85 
 
 
588 aa  223  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5637  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 
600 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6002  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 
600 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0718  AMP-binding domain-containing protein  33.79 
 
 
686 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0642699  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6306  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 
595 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.580679 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0531  AMP-binding domain-containing protein  33.68 
 
 
635 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.612015  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4074  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 
597 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7411  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 
587 aa  221  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.542589 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0231  acyl-CoA synthetase  29.83 
 
 
608 aa  221  3e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.229667  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.02 
 
 
562 aa  221  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 
597 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1452  AMP-binding domain-containing protein  33.68 
 
 
577 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3166  AMP-binding domain-containing protein  33.68 
 
 
588 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2880  AMP-binding domain-containing protein  33.68 
 
 
577 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0136  AMP-binding domain-containing protein  33.68 
 
 
577 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6150  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 
594 aa  220  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102681  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0718  acyl-CoA synthetase  29.98 
 
 
573 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1800  AMP-binding domain-containing protein  36.01 
 
 
610 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3741  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 
725 aa  219  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.101405 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3687  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 
725 aa  219  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0277  AMP-binding domain-containing protein  36.01 
 
 
599 aa  219  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.48343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3940  peptide synthase  32.67 
 
 
4332 aa  219  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.862701 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 
586 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.359525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2135  pyoverdine chromophore precursor synthetase  32.5 
 
 
4336 aa  218  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2951  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 
577 aa  218  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.982174  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 
579 aa  217  5e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1016  AMP-binding domain-containing protein  35.17 
 
 
599 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.322447  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1302  AMP-binding domain-containing protein  35.17 
 
 
610 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.679407  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0293  AMP-binding domain-containing protein  35.17 
 
 
599 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.117519  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1714  AMP-binding domain-containing protein  35.17 
 
 
610 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.399616  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2331  amino acid adenylation domain protein  30.35 
 
 
3235 aa  215  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7308  polyketide synthetase  31.52 
 
 
755 aa  215  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39684  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2829  peptide synthase  33.09 
 
 
4342 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12964  acyl-CoA synthetase  31.11 
 
 
619 aa  214  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33280  peptide synthase  33.1 
 
 
4342 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.46218 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 
640 aa  213  5.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.541656  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0999  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
706 aa  214  5.999999999999999e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.771586  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1746  AMP-dependent synthetase and ligase  33.05 
 
 
592 aa  213  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.689088  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0943  AMP-binding domain-containing protein  31.87 
 
 
1035 aa  213  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0174  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 
636 aa  213  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121627  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3680  amino acid adenylation domain protein  34.29 
 
 
2721 aa  213  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3109  aspartate racemase  33.63 
 
 
1981 aa  212  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 
544 aa  212  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.893245  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 
544 aa  212  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0614831 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18360  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.28 
 
 
577 aa  211  3e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2786  amino acid adenylation domain-containing protein  38.83 
 
 
3208 aa  211  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0705629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>