More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1885 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 113 aa  226  8e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  86.73 
 
 		 113 aa  194  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  71.68 
 
 		 113 aa  167  4e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  45.13 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2458  transcriptional regulator, MerR family  46.09 
 
 		 119 aa  90.1  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 142 aa  89.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  45.61 
 
 		 147 aa  85.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  44.35 
 
 		 130 aa  85.9  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  46 
 
 		 112 aa  84.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 127 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  43.36 
 
 		 123 aa  82.8  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  42.22 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 122 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  58.82 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0140  putative transcriptional regulator, MerR family  43.24 
 
 		 126 aa  80.9  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0752186 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6110  MerR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 128 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.772914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  44.14 
 
 		 125 aa  80.1  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  43.14 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  43.14 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  48.81 
 
 		 122 aa  78.6  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2841  transcriptional regulator, MerR family  48.39 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.429169  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  42.48 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7954  putative transcriptional regulator, MerR family  39.64 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6614  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6346  MerR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 122 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6523  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0471751  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6757  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288009  normal  0.0279244 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1156  regulatory protein, MerR  42.61 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  41.32 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  42.57 
 
 		 122 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  40.71 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2026  putative transcriptional regulator, MerR family  38.14 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  39.64 
 
 		 117 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  43.96 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 119 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00890  predicted transcriptional regulator  45.21 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  37.23 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 150 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6549  transcriptional regulator, MerR family  36.04 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135068  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 164 aa  62  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10880  predicted transcriptional regulator  38.71 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  42.17 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  44.12 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  38.6 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3609  transcriptional regulator, MerR family  37.25 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.279155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  38.61 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 123 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4873  MerR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 260 aa  58.2  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.686737  normal  0.0317113 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2048  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 		 265 aa  57.4  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.144756 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  36.46 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  36.46 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  44.3 
 
 		 152 aa  57  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  44.3 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00240  predicted transcriptional regulator  38.1 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  40.2 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  35.87 
 
 		 155 aa  57  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03771  hypothetical protein  56.82 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1617  putative transcriptional regulator, MerR family  37.76 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.870774 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4880  transcriptional regulator, MerR family  43.33 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.72 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3082  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.1323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2780  transcriptional regulator, MerR family  31.96 
 
 		 269 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000880145 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 141 aa  55.1  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0245  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000476333  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5373  transcriptional regulator, MerR family  34.21 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>