More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1560 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 588 aa  1143    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  65.15 
 
 		 568 aa  687    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  57.47 
 
 		 592 aa  538  1e-151  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  54.04 
 
 		 580 aa  538  1e-151  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  48.06 
 
 		 572 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.42 
 
 		 571 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.77 
 
 		 567 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  48.32 
 
 		 591 aa  436  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  48.66 
 
 		 566 aa  436  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.12 
 
 		 573 aa  422  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  47.3 
 
 		 573 aa  424  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45 
 
 		 595 aa  403  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  44.7 
 
 		 565 aa  382  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.8 
 
 		 566 aa  378  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  45.96 
 
 		 579 aa  372  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  44.39 
 
 		 568 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.39 
 
 		 568 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  43.04 
 
 		 577 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.39 
 
 		 568 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.6 
 
 		 559 aa  365  1e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.36 
 
 		 566 aa  356  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.36 
 
 		 566 aa  356  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.36 
 
 		 566 aa  356  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.68 
 
 		 631 aa  344  2e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.4 
 
 		 578 aa  344  2.9999999999999997e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.84 
 
 		 544 aa  342  2e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 		 556 aa  340  2.9999999999999998e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.03 
 
 		 575 aa  339  9e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  41.34 
 
 		 578 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  42.96 
 
 		 573 aa  332  1e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  41.94 
 
 		 536 aa  331  3e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.49 
 
 		 543 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.44 
 
 		 535 aa  302  9e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 		 568 aa  301  2e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 		 535 aa  296  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  37.91 
 
 		 549 aa  294  4e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  38.5 
 
 		 543 aa  279  9e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.07 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 590 aa  264  4e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 		 571 aa  225  2e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 550 aa  202  9e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  33.27 
 
 		 635 aa  190  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  38.92 
 
 		 401 aa  187  5e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  56.02 
 
 		 392 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  36.41 
 
 		 391 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 409 aa  172  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.72 
 
 		 381 aa  155  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.39 
 
 		 456 aa  151  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1296  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 		 386 aa  133  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0341  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 		 725 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0143238  hitchhiker  0.0051816 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  34.66 
 
 		 385 aa  131  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.92 
 
 		 851 aa  127  6e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 		 372 aa  127  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  35.98 
 
 		 828 aa  126  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.65 
 
 		 421 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18330  histidine kinase  35.96 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5201  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 393 aa  109  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.849708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  30.85 
 
 		 373 aa  107  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  36.55 
 
 		 673 aa  107  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4486  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 582 aa  104  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 		 665 aa  105  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.03 
 
 		 594 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1421  ATPase domain-containing protein  33.63 
 
 		 484 aa  101  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.595659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.39 
 
 		 603 aa  99  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  33.13 
 
 		 795 aa  97.8  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5078  histidine kinase  35.18 
 
 		 368 aa  96.3  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.9788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 548 aa  95.5  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 		 464 aa  95.9  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 373 aa  95.1  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 		 545 aa  94.7  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.76 
 
 		 602 aa  93.2  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1897  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.23 
 
 		 598 aa  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.149462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1557  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.23 
 
 		 598 aa  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1961  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.23 
 
 		 598 aa  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.68817 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1374  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.23 
 
 		 613 aa  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0573196  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1902  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.68 
 
 		 598 aa  91.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1347  sensor histidine kinase  29.35 
 
 		 351 aa  91.3  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.31288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1321  sensor histidine kinase  29.35 
 
 		 351 aa  90.9  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375238  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1320  sensor histidine kinase  29.35 
 
 		 351 aa  90.9  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00123004  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1456  sensor histidine kinase  29.35 
 
 		 351 aa  91.3  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00592106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1530  sensor histidine kinase  29.35 
 
 		 351 aa  90.9  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.90364e-25 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  33.24 
 
 		 535 aa  91.3  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2567  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.39 
 
 		 623 aa  90.9  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01200  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarL  29.81 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2424  histidine kinase  29.81 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0527369  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.94 
 
 		 604 aa  90.9  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2401  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.81 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1918  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.28 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0184147  normal  0.168413 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1362  histidine kinase  29.35 
 
 		 351 aa  90.5  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0117705  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1705  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.81 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.55706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01210  hypothetical protein  29.81 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.678292  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1331  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.28 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.150699  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1372  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.81 
 
 		 598 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.497152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2317  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.29 
 
 		 598 aa  90.9  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.797915 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  31.09 
 
 		 637 aa  90.5  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 344 aa  90.5  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 682 aa  90.5  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.203059 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1389  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.46 
 
 		 598 aa  90.1  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0922186  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1562  sensor histidine kinase  28.86 
 
 		 351 aa  89.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000749794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1600  sensor histidine kinase  28.86 
 
 		 351 aa  89  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000696667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>