191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1535 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5304  AAA ATPase  50.04 
 
 		 1153 aa  1074    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1535  ATPase  100 
 
 		 1280 aa  2484    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2182  RecB family nuclease, putative  48.26 
 
 		 1198 aa  974    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000250648  decreased coverage  0.00000209405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02510  predicted nuclease (RecB family)  40.83 
 
 		 1250 aa  653    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1000  hypothetical protein  37.91 
 
 		 1215 aa  625  1e-177  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0219894 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3239  RecB family nuclease, putative  38.24 
 
 		 1228 aa  615  9.999999999999999e-175  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.262679 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  38.93 
 
 		 1139 aa  592  1e-167  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00610  predicted nuclease (RecB family)  38.36 
 
 		 1270 aa  577  1.0000000000000001e-163  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4472  RecB family-like nuclease  38.6 
 
 		 1151 aa  575  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.836505  normal  0.104003 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0890  hypothetical protein  36.01 
 
 		 1215 aa  567  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3969  RecB family-like nuclease  38.16 
 
 		 1143 aa  535  1e-150  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4043  RecB family-like nuclease  38.16 
 
 		 1143 aa  535  1e-150  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2456  hypothetical protein  36.19 
 
 		 1247 aa  528  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.320615  normal  0.0142117 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3983  RecB family-like nuclease  37.72 
 
 		 1143 aa  526  1e-148  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0895851 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3698  RecB family nuclease, putative  35.69 
 
 		 1082 aa  494  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1529  hypothetical protein  50.56 
 
 		 1175 aa  477  1e-133  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0907559  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1283  hypothetical protein  30.28 
 
 		 1116 aa  470  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.112248 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0935  hypothetical protein  28.33 
 
 		 1172 aa  428  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.576468  hitchhiker  0.000557734 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20350  predicted nuclease (RecB family)  37.67 
 
 		 1196 aa  357  1e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0117  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  39.86 
 
 		 1324 aa  354  5e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0229984  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2223  RecB family-like nuclease  35.54 
 
 		 1163 aa  354  7e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0250  hypothetical protein  37.94 
 
 		 1350 aa  306  1.0000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  36.12 
 
 		 1118 aa  295  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2717  hypothetical protein  35.47 
 
 		 1126 aa  271  4e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375535 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4059  hypothetical protein  38.6 
 
 		 522 aa  260  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1107  hypothetical protein  47.72 
 
 		 1121 aa  205  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  30.62 
 
 		 606 aa  119  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0336  hypothetical protein  25.58 
 
 		 487 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3349  hypothetical protein  27.47 
 
 		 512 aa  97.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.134566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  27.71 
 
 		 902 aa  97.1  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3226  nuclease (RecB family)-like protein  25.41 
 
 		 493 aa  93.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.492235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2870  hypothetical protein  25.41 
 
 		 493 aa  93.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0186  hypothetical protein  22.06 
 
 		 512 aa  92.8  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.12716 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  24.47 
 
 		 636 aa  90.1  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.182611 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2051  hypothetical protein  26.65 
 
 		 480 aa  88.6  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4865  hypothetical protein  25.26 
 
 		 494 aa  86.7  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.120137  unclonable  0.000000212393 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  26.39 
 
 		 752 aa  86.3  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_1178  predicted protein  25.81 
 
 		 609 aa  86.7  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.243815 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1516  AAA ATPase  25.38 
 
 		 1271 aa  85.9  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.18518 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27204  predicted protein  27.87 
 
 		 553 aa  85.5  0.000000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.332143  normal  0.0288393 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29705  predicted protein  27.87 
 
 		 553 aa  85.5  0.000000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0430706  hitchhiker  0.00367175 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  31.48 
 
 		 934 aa  82.4  0.00000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4376  superfamily I DNA/RNA helicase  27.15 
 
 		 659 aa  82  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.568868 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  23.01 
 
 		 611 aa  80.9  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24981  RecB family nuclease  26.29 
 
 		 535 aa  81.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1511  hypothetical protein  26.91 
 
 		 1275 aa  80.1  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  29.29 
 
 		 986 aa  80.9  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  23.39 
 
 		 650 aa  80.1  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  28.5 
 
 		 622 aa  79.3  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1291  AAA ATPase  21.75 
 
 		 1099 aa  79.3  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0205527  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2207  AAA ATPase  25.56 
 
 		 1255 aa  79.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  23.12 
 
 		 650 aa  79  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  30.98 
 
 		 902 aa  77.8  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  29.43 
 
 		 1189 aa  77.8  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  26.29 
 
 		 486 aa  77.8  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  28.87 
 
 		 622 aa  76.6  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42380  predicted protein  29.04 
 
 		 479 aa  76.3  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2554  superfamily I DNA/RNA helicase  26.28 
 
 		 1653 aa  75.5  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237962  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02960  ATP dependent helicase, putative  25.59 
 
 		 1090 aa  75.1  0.000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275864  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  25.47 
 
 		 925 aa  75.1  0.000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43905  predicted protein  26.6 
 
 		 1038 aa  75.1  0.000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.352902  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2410  RecB family nuclease, putative  25.16 
 
 		 486 aa  74.7  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03653  essential tripartite DNA replication factor with single-stranded DNA-dependent ATPase (Eurofung)  24.34 
 
 		 1048 aa  73.9  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00646  hypothetical protein similar to possible regulator of nonsense transcripts (Broad)  24.62 
 
 		 1077 aa  73.6  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4394  superfamily I DNA/RNA helicase  23.24 
 
 		 585 aa  73.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.483682 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  30.43 
 
 		 629 aa  73.6  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  28.84 
 
 		 901 aa  72.4  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_443  predicted protein  24.52 
 
 		 797 aa  71.6  0.00000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00278314 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  26.74 
 
 		 922 aa  70.5  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01710  putative DNA helicase  24.44 
 
 		 754 aa  70.1  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  26.83 
 
 		 932 aa  69.7  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03041  RecB family nuclease  20.67 
 
 		 490 aa  69.7  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0542901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0258  hypothetical protein  25.74 
 
 		 502 aa  69.3  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.715645  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03101  RecB family nuclease  22.05 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0955  DNA helicase  22.29 
 
 		 655 aa  69.3  0.0000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0229  hypothetical protein  28.84 
 
 		 491 aa  68.9  0.0000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  23.11 
 
 		 636 aa  68.9  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  31.1 
 
 		 619 aa  68.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1489  hypothetical protein  30.48 
 
 		 1018 aa  68.9  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.132129  normal  0.443999 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03980  DNA replication helicase dna2, putative  23.42 
 
 		 1097 aa  67.4  0.000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.450462  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5628  hypothetical protein  29.77 
 
 		 404 aa  67.8  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.431962  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5800  hypothetical protein  30.16 
 
 		 436 aa  67.8  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000132526 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3380  AAA ATPase  25.22 
 
 		 632 aa  68.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.134452  normal  0.835582 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2796  transcription factor jumonji, jmjC  43.02 
 
 		 193 aa  67.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132584  hitchhiker  0.00000604093 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2411  AAA ATPase  23.96 
 
 		 635 aa  67.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000174617  normal  0.335241 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0299  DNA helicase  26.64 
 
 		 916 aa  66.6  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.053033  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51262  predicted protein  27 
 
 		 388 aa  66.2  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.21292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2281  putative DNA helicase  26.86 
 
 		 928 aa  65.9  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4366  superfamily I DNA/RNA helicase  28.81 
 
 		 651 aa  65.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.158459 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2292  predicted protein  24.83 
 
 		 464 aa  65.5  0.000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1643  DNA repair enzyme  19.45 
 
 		 483 aa  65.1  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.845174  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3092  putative helicase  32.47 
 
 		 941 aa  65.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0418433 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37994  predicted protein  29.03 
 
 		 521 aa  65.1  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  24.81 
 
 		 1999 aa  65.1  0.000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  21.83 
 
 		 1002 aa  64.7  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03571  RecB family nuclease  20.8 
 
 		 483 aa  64.7  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.551533  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04770  DNA helicase, putative  22.04 
 
 		 952 aa  63.9  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3247  superfamily I DNA/RNA helicase  26.28 
 
 		 1132 aa  63.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000352182  normal  0.59992 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03001  RecB family nuclease  20.53 
 
 		 472 aa  63.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0893  putative DNA helicase  23.44 
 
 		 633 aa  63.2  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>