More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1438 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1438  bifunctional RNase H/acid phosphatase  100 
 
 
378 aa  751  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.246631  normal  0.0428381 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5074  bifunctional RNase H/acid phosphatase  81.75 
 
 
378 aa  598  1e-170  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0171562  normal  0.0167384 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1673  Phosphoglycerate mutase  59.14 
 
 
378 aa  398  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00482153  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  56.58 
 
 
382 aa  373  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3618  bifunctional RNase H/acid phosphatase  54.86 
 
 
369 aa  366  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324125  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2892  bifunctional RNase H/acid phosphatase  54.05 
 
 
356 aa  355  8e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.816574  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  50.69 
 
 
440 aa  355  1e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07200  fructose-2,6-bisphosphatase  51.68 
 
 
383 aa  337  3e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282804  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3404  bifunctional RNase H/acid phosphatase  52.16 
 
 
365 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.262281 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3342  bifunctional RNase H/acid phosphatase  52.16 
 
 
365 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.135995  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3353  bifunctional RNase H/acid phosphatase  52.16 
 
 
365 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0881  Phosphoglycerate mutase  51.27 
 
 
391 aa  326  3e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  48.65 
 
 
411 aa  320  2e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3460  Phosphoglycerate mutase  50.4 
 
 
363 aa  311  1e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2015  phosphoglycerate mutase  48.45 
 
 
401 aa  299  6e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.128037  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12257  bifunctional RNase H/acid phosphatase  51.89 
 
 
364 aa  297  2e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000101677  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3355  phosphoglycerate mutase  46.19 
 
 
412 aa  293  2e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3274  Phosphoglycerate mutase  47.86 
 
 
370 aa  286  5e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  2.75954e-05  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3334  Phosphoglycerate mutase  51.5 
 
 
366 aa  271  1e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185699  normal  0.415559 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  47.63 
 
 
402 aa  270  5e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2083  Phosphoglycerate mutase  43.36 
 
 
412 aa  231  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.244664  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6815  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  55.45 
 
 
452 aa  197  2e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2710  Phosphoglycerate mutase  50.48 
 
 
215 aa  180  3e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.266877  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  50.98 
 
 
427 aa  176  7e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09490  ribonuclease HI  57.32 
 
 
322 aa  169  7e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4815  ribonuclease H  62.32 
 
 
137 aa  165  1e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.084828  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3094  Phosphoglycerate mutase  44.24 
 
 
218 aa  160  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0314512  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0171  phosphoglycerate mutase  43.37 
 
 
205 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.693324  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4586  phosphoglycerate mutase  40.89 
 
 
253 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.616156  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3660  ribonuclease H  52.63 
 
 
133 aa  122  1e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270083  normal  0.190281 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  36.32 
 
 
213 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.63977e-06  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  34.16 
 
 
205 aa  115  1e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1600  phosphoglycerate mutase  35.57 
 
 
209 aa  115  1e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  32.18 
 
 
208 aa  114  2e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  37.07 
 
 
209 aa  112  1e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2177  Phosphoglycerate mutase  36.04 
 
 
203 aa  111  2e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.887348 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4718  Phosphoglycerate mutase  40 
 
 
198 aa  107  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0651  phosphoglycerate mutase  34.62 
 
 
235 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.761339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  39.7 
 
 
226 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4091  phosphoglycerate mutase  36.14 
 
 
227 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2428  ribonuclease H  43.55 
 
 
198 aa  106  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3153  alpha-ribazole phosphatase  30.73 
 
 
196 aa  106  8e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.5335e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0499  putative phosphoglycerate mutase 2 protein  38.61 
 
 
227 aa  105  9e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.725562  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  39.69 
 
 
226 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  33.5 
 
 
202 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  5.9372e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0723  ribonuclease H  48 
 
 
168 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2324  phosphoglycerate mutase  32.83 
 
 
213 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0703569 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1243  phosphoglycerate mutase, putative  35.71 
 
 
229 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1699  phosphoglycerate mutase  33.84 
 
 
213 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.812426  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0972  Phosphoglycerate mutase  33.83 
 
 
215 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3375  Phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
213 aa  103  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2587  ribonuclease H  47.24 
 
 
197 aa  102  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3410  phosphoglycerate mutase 2  36.02 
 
 
229 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1503  Phosphoglycerate mutase  30.2 
 
 
211 aa  102  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0764  ribonuclease H  43.94 
 
 
254 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00463107  normal  0.774807 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0760  ribonuclease H  47.2 
 
 
253 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0760  ribonuclease H  47.2 
 
 
253 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.641893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2034  phosphatase PhoE  36.31 
 
 
203 aa  100  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1173  ribonuclease H  40.6 
 
 
194 aa  100  4e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1105  phosphoglycerate mutase  33.5 
 
 
214 aa  100  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3404  phosphoglycerate mutase family protein  35.41 
 
 
220 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3369  phosphoglycerate mutase family protein  35.07 
 
 
220 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2350  phosphoglycerate mutase, putative  35.07 
 
 
229 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3275  phosphatase PhoE  36.08 
 
 
203 aa  99.8  8e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  35.85 
 
 
237 aa  99.4  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4219  ribonuclease H  38.52 
 
 
313 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0613  phosphoglycerate mutase  33.66 
 
 
223 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.496101 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0341  ribonuclease H  45.32 
 
 
142 aa  98.6  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0179  ribonuclease H  45.31 
 
 
132 aa  98.2  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0946  phosphoglycerate mutase  28.14 
 
 
233 aa  98.2  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.97615  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0263  putative phosphoglycerate mutase  34.93 
 
 
220 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947461  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1125  putative phosphoglycerate mutase  34.93 
 
 
220 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2529  putative phosphoglycerate mutase  34.93 
 
 
220 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1455  phosphoglycerate mutase  32.84 
 
 
201 aa  97.1  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1437  ribonuclease H  38.64 
 
 
134 aa  97.4  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.816705 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0088  ribonuclease H  40.38 
 
 
211 aa  97.1  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1409  phosphoglycerate mutase  32.84 
 
 
201 aa  97.1  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.650422  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_8015  predicted protein  42.86 
 
 
126 aa  97.1  5e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00418489  normal  0.339866 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0685  phosphoglycerate mutase  34.63 
 
 
221 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0202  phosphoglycerate mutase  34.63 
 
 
221 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326215  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3771  phosphoglycerate mutase  34.63 
 
 
220 aa  96.3  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3671  phosphoglycerate mutase  31.91 
 
 
207 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.786994  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1461  phosphoglycerate mutase  32.5 
 
 
212 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1597  Phosphoglycerate mutase  30.85 
 
 
206 aa  95.1  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1508  Phosphoglycerate mutase  34.78 
 
 
459 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.980913  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0514  phosphoglycerate mutase  34.47 
 
 
224 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0502  Phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
214 aa  94.4  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.309871  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1599  phosphoglycerate mutase  37.56 
 
 
223 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0491  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
214 aa  94.4  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407616  normal  0.0732779 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  32.99 
 
 
200 aa  94.7  3e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.1297e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4252  phosphoglycerate mutase  35.12 
 
 
245 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0652  phosphoglycerate mutase  34.15 
 
 
221 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288396  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2741  phosphoglycerate mutase/fructose-2,6-bisphosphatase  31.79 
 
 
213 aa  94  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.195547  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4233  phosphoglycerate mutase  32.5 
 
 
213 aa  94  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555446  normal  0.270297 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  36.79 
 
 
224 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0605  phosphoglycerate mutase  34.15 
 
 
220 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.338062  normal  0.808152 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  32.99 
 
 
212 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1238  phosphoglycerate mutase  33.5 
 
 
213 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754918  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0008  phosphoglycerate mutase  34.63 
 
 
241 aa  93.6  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0357979 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1298  Phosphoglycerate mutase  34.48 
 
 
211 aa  93.2  7e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  8.5953e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>