More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1314 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2292  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  66.97 
 
 		 836 aa  1148    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.436685  normal  0.164077 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24280  valyl-tRNA synthetase  62.87 
 
 		 906 aa  1105    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0192  valine--tRNA ligase  55.32 
 
 		 925 aa  973    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1403  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  64.55 
 
 		 886 aa  1130    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00382029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1701  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  69.21 
 
 		 846 aa  1176    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000331073  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1197  valyl-tRNA synthetase  57.45 
 
 		 911 aa  1002    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1125  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  61.9 
 
 		 916 aa  1070    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1581  aminoacyl-tRNA synthetase class Ia  65.65 
 
 		 861 aa  1154    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1936  valyl-tRNA synthetase  68.44 
 
 		 881 aa  1206    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0307  valyl-tRNA synthetase  52.46 
 
 		 855 aa  863    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0015  valyl-tRNA synthetase  64.46 
 
 		 860 aa  1115    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139403  normal  0.950731 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09130  valyl-tRNA synthetase  59.18 
 
 		 885 aa  1024    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0788672 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1314  valyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 903 aa  1806    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.558712 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2593  valyl-tRNA synthetase  64.14 
 
 		 902 aa  1108    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3508  valyl-tRNA synthetase  68.22 
 
 		 877 aa  1145    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.633691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5200  valyl-tRNA synthetase  79.02 
 
 		 876 aa  1395    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.725067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09930  valyl-tRNA synthetase  61.67 
 
 		 894 aa  1070    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.231396  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2881  tRNA synthetase valyl/leucyl anticodon-binding protein  69.05 
 
 		 858 aa  1153    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0019  valyl-tRNA synthetase  65 
 
 		 862 aa  1108    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.661225 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09690  valyl-tRNA synthetase  61.78 
 
 		 895 aa  1086    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6767  valyl-tRNA synthetase  67.61 
 
 		 845 aa  1158    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0832206 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0963  valyl-tRNA synthetase  61.84 
 
 		 901 aa  1074    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2401  valyl-tRNA synthetase  60.25 
 
 		 873 aa  1066    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2155  valyl-tRNA synthetase  60.36 
 
 		 872 aa  1060    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000123734 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3473  valyl-tRNA synthetase  61.27 
 
 		 871 aa  1019    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.560604  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0464  valyl-tRNA synthetase  36.55 
 
 		 864 aa  576  1.0000000000000001e-163  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0088  valyl-tRNA synthetase  36.87 
 
 		 802 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0136  valyl-tRNA synthetase  36.75 
 
 		 808 aa  571  1e-161  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1241  valyl-tRNA synthetase  37.74 
 
 		 896 aa  546  1e-154  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3319  valyl-tRNA synthetase  36.29 
 
 		 928 aa  535  1e-150  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0018  valyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 892 aa  534  1e-150  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.910453  normal  0.161561 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1536  valyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 908 aa  523  1e-147  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0603  putative valyl-tRNA synthetase  35.47 
 
 		 877 aa  506  9.999999999999999e-143  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0205  valyl-tRNA synthetase  35.02 
 
 		 905 aa  502  1e-140  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1721  valyl-tRNA synthetase  34.3 
 
 		 864 aa  451  1e-125  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2626  valyl-tRNA synthetase  33.37 
 
 		 865 aa  450  1e-125  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0807  valyl-tRNA synthetase  34.21 
 
 		 855 aa  451  1e-125  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2184  valyl-tRNA synthetase  33.45 
 
 		 865 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1605  valyl-tRNA synthetase  31.83 
 
 		 886 aa  444  1e-123  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1023  valyl-tRNA synthetase  32.06 
 
 		 886 aa  446  1e-123  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.17818  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1572  valyl-tRNA synthetase  34.34 
 
 		 863 aa  441  9.999999999999999e-123  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.330125  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0309  valyl-tRNA synthetase  31.94 
 
 		 886 aa  442  9.999999999999999e-123  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1976  valyl-tRNA synthetase  33.29 
 
 		 869 aa  439  1e-121  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1456  valyl-tRNA synthetase  30.87 
 
 		 886 aa  433  1e-120  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439058  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1178  valyl-tRNA synthetase  32.71 
 
 		 858 aa  432  1e-119  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0944  valyl-tRNA synthetase  30.57 
 
 		 906 aa  428  1e-118  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0403  valyl-tRNA synthetase  35.08 
 
 		 865 aa  429  1e-118  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.52584  normal  0.0399554 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2064  valyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 863 aa  423  1e-117  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0325  valyl-tRNA synthetase  32.47 
 
 		 809 aa  416  1e-114  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1456  valyl-tRNA synthetase  32.51 
 
 		 799 aa  381  1e-104  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1019  valyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 799 aa  381  1e-104  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000648947 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1649  valyl-tRNA synthetase  32.25 
 
 		 799 aa  370  1e-101  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.737664 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1497  valyl-tRNA synthetase  31.84 
 
 		 799 aa  369  1e-100  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.702651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1477  valyl-tRNA synthetase  29.67 
 
 		 771 aa  365  3e-99  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0166  valyl-tRNA synthetase  31.55 
 
 		 806 aa  362  2e-98  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000560387  normal  0.070078 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1878  valyl-tRNA synthetase  28.1 
 
 		 816 aa  359  1.9999999999999998e-97  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1683  valyl-tRNA synthetase  29.8 
 
 		 808 aa  344  2.9999999999999997e-93  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0962202  normal  0.0485293 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14590  valyl-tRNA synthetase  27.55 
 
 		 882 aa  318  2e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129696  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0294  valyl-tRNA synthetase  29.68 
 
 		 882 aa  311  4e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3348  valyl-tRNA synthetase  27.94 
 
 		 881 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000651158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1928  valyl-tRNA synthetase  28.18 
 
 		 893 aa  308  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12474  valyl-tRNA synthetase  29.98 
 
 		 876 aa  307  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0532  valyl-tRNA synthetase  29.23 
 
 		 880 aa  301  5e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000120164  normal  0.643444 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1831  valyl-tRNA synthetase  30.64 
 
 		 881 aa  299  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0410147  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1473  valyl-tRNA synthetase  28.6 
 
 		 881 aa  298  4e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000014278  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6497  valyl-tRNA synthetase  29.16 
 
 		 903 aa  295  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1109  valyl-tRNA synthetase  27.68 
 
 		 885 aa  295  3e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.25731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3947  valyl-tRNA synthetase  29.34 
 
 		 955 aa  293  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2630  valyl-tRNA synthetase  29.29 
 
 		 900 aa  292  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.395848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1165  valyl-tRNA synthetase  29.56 
 
 		 877 aa  292  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2554  valyl-tRNA synthetase  26.24 
 
 		 879 aa  291  3e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0681361  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3558  valyl-tRNA synthetase  28.93 
 
 		 883 aa  291  3e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.462597  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3631  valyl-tRNA synthetase  28.93 
 
 		 883 aa  291  3e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0657894 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3563  valyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 		 883 aa  291  4e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4361  valyl-tRNA synthetase  27.5 
 
 		 881 aa  291  4e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000840435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3174  valyl-tRNA synthetase  26.76 
 
 		 881 aa  291  4e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5880  valyl-tRNA synthetase  29.03 
 
 		 903 aa  290  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0738  valyl-tRNA synthetase  28.26 
 
 		 973 aa  289  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3951  valyl-tRNA synthetase  29.19 
 
 		 897 aa  287  5.999999999999999e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.594097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0513  valyl-tRNA synthetase  26.93 
 
 		 883 aa  287  7e-76  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1477  valyl-tRNA synthetase  29.37 
 
 		 1052 aa  286  8e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516539  normal  0.491266 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2846  valyl-tRNA synthetase  28.08 
 
 		 904 aa  286  8e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292827  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1495  valyl-tRNA synthetase  29.33 
 
 		 899 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.280307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1004  valyl-tRNA synthetase  27.46 
 
 		 865 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.15649  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5430  valyl-tRNA synthetase  28.7 
 
 		 905 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0396856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2053  valyl-tRNA synthetase  27.87 
 
 		 884 aa  285  2.0000000000000002e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0948742  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1828  valyl-tRNA synthetase  29.02 
 
 		 954 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0472  valyl-tRNA synthetase  25.89 
 
 		 892 aa  285  2.0000000000000002e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1102  valyl-tRNA synthetase  27.46 
 
 		 865 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0575058  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0658  valyl-tRNA synthetase  26.49 
 
 		 881 aa  285  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7287  valyl-tRNA synthetase  29.54 
 
 		 861 aa  284  4.0000000000000003e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.429256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2853  valyl-tRNA synthetase  29.22 
 
 		 957 aa  285  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.250427  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12260  valyl-tRNA synthetase  28.2 
 
 		 882 aa  284  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1571  valyl-tRNA synthetase  28.18 
 
 		 926 aa  283  7.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4191  valyl-tRNA synthetase  26.49 
 
 		 881 aa  283  8.000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4576  valyl-tRNA synthetase  26.37 
 
 		 881 aa  283  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0705  valyl-tRNA synthetase  26.57 
 
 		 909 aa  283  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.727948  normal  0.597989 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3559  valyl-tRNA synthetase  29.01 
 
 		 951 aa  283  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0678  valyl-tRNA synthetase  26.68 
 
 		 909 aa  283  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4861  valyl-tRNA synthetase  27.69 
 
 		 951 aa  282  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.522647 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>