More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1205 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1205  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  100 
 
 
213 aa  439  9.999999999999999e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.158581  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5274  endopeptidase Clp  92.02 
 
 
213 aa  407  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2774  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  76.33 
 
 
238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.410804  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0737  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  76.5 
 
 
221 aa  316  2e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.753461  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1529  Endopeptidase Clp  81.18 
 
 
213 aa  315  3e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0209327  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2477  endopeptidase Clp  76.06 
 
 
217 aa  308  4e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.353713 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7291  Endopeptidase Clp  72.14 
 
 
214 aa  308  5e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.800235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4919  endopeptidase Clp  75.66 
 
 
236 aa  306  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.438524  hitchhiker  0.00520198 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3878  endopeptidase Clp  70.53 
 
 
213 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.182477  hitchhiker  0.00149389 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3499  endopeptidase Clp  70.05 
 
 
213 aa  299  2e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0591598  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3401  Endopeptidase Clp  74.59 
 
 
192 aa  296  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0633658  normal  0.308742 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1370  Endopeptidase Clp  69.12 
 
 
207 aa  290  9e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09090  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  71.81 
 
 
225 aa  285  4e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.577187  normal  0.0503281 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3477  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  69.73 
 
 
195 aa  278  4e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1577  Endopeptidase Clp  66.5 
 
 
211 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3517  Endopeptidase Clp  63.41 
 
 
213 aa  271  7e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1461  Endopeptidase Clp  68.98 
 
 
197 aa  271  8.000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.509443  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0642  endopeptidase Clp  65.28 
 
 
194 aa  270  8.000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.550245  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2598  Endopeptidase Clp  63.32 
 
 
213 aa  269  2e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0695  endopeptidase Clp  65.95 
 
 
194 aa  267  1e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0955  Endopeptidase Clp  62.44 
 
 
207 aa  267  1e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4258  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  70.22 
 
 
240 aa  264  7e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.621412  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2194  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  71.1 
 
 
203 aa  263  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1119  Endopeptidase Clp  61.73 
 
 
214 aa  261  6e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24380  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  66.85 
 
 
207 aa  259  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1393  Endopeptidase Clp  61.66 
 
 
206 aa  260  1e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.849713  normal  0.771731 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2049  Endopeptidase Clp  65.1 
 
 
207 aa  259  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3399  Endopeptidase Clp  67.82 
 
 
210 aa  258  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2405  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  64.52 
 
 
203 aa  254  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0397607  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4896  Endopeptidase Clp  64.89 
 
 
219 aa  254  6e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.826169  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2159  Endopeptidase Clp  65.36 
 
 
206 aa  253  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000566735 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1098  Endopeptidase Clp  63.98 
 
 
205 aa  251  6e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7295  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  61.08 
 
 
208 aa  250  9.000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12486  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  63.49 
 
 
200 aa  250  1e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3578  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  66.3 
 
 
195 aa  250  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3651  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  66.3 
 
 
195 aa  250  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422655  normal  0.394425 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3583  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  66.3 
 
 
195 aa  250  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.117643  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1749  Endopeptidase Clp  66.28 
 
 
211 aa  249  2e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2588  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  64.77 
 
 
218 aa  249  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09880  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  62.37 
 
 
205 aa  248  4e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.860863  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2737  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  65.95 
 
 
200 aa  248  5e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4040  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  68.21 
 
 
194 aa  248  6e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0563268  normal  0.405565 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09550  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  62.03 
 
 
210 aa  248  7e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12180  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  65.95 
 
 
197 aa  246  1e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0015  endopeptidase Clp  68.45 
 
 
205 aa  245  4e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.632715  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5206  Endopeptidase Clp  61 
 
 
211 aa  241  7.999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0686  ATP-dependent Clp proteases Protease subunit  59 
 
 
207 aa  240  9e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0879  Clp protease  59.89 
 
 
203 aa  238  5e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1851  Endopeptidase Clp  62.69 
 
 
229 aa  234  6e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0126573  normal  0.0136032 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25250  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  58.73 
 
 
212 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0560465  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0218  Endopeptidase Clp  60 
 
 
204 aa  232  4.0000000000000004e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.592899 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2693  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  60 
 
 
205 aa  229  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000240407  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0585  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  59.69 
 
 
231 aa  228  5e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.629733  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0322  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  57.14 
 
 
201 aa  227  9e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2037  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  54.01 
 
 
228 aa  226  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.704946 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0385  peptidase S14, ClpP  56.52 
 
 
225 aa  226  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.546462  normal  0.319683 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4364  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  57.44 
 
 
236 aa  224  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.375461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1432  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.89 
 
 
193 aa  224  7e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.53269  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2924  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  56.7 
 
 
229 aa  223  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2740  endopeptidase Clp  52.85 
 
 
206 aa  223  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0600762  decreased coverage  0.00246808 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3172  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  56.7 
 
 
229 aa  223  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1479  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  56.91 
 
 
198 aa  223  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000813663  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1088  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  55.14 
 
 
194 aa  223  2e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.850787  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2537  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  54.92 
 
 
199 aa  223  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.151699  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0235  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  56.22 
 
 
203 aa  223  2e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2120  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.89 
 
 
207 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1519  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  54.55 
 
 
198 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.169691  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0233  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  56.22 
 
 
203 aa  223  2e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.196502  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0547  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  57.38 
 
 
204 aa  222  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2030  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  53.48 
 
 
227 aa  222  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0162468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2323  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
217 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0415791  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2562  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  57.22 
 
 
195 aa  221  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0718153  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2365  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
217 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.490109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3348  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
217 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0216407  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2525  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  61.33 
 
 
244 aa  222  4e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1232  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
217 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1957  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
217 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1465  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0878215  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3604  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  57.07 
 
 
232 aa  221  4.9999999999999996e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.513277 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2481  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  58.33 
 
 
207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0405  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  54.01 
 
 
225 aa  221  4.9999999999999996e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0389  peptidase S14, ClpP  52.41 
 
 
225 aa  221  6e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0601848  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1656  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.38 
 
 
200 aa  221  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0517527  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2382  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  54.01 
 
 
225 aa  220  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.656103  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3424  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  53.03 
 
 
203 aa  220  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4515  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  56.38 
 
 
202 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1011  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  55.74 
 
 
219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258522  normal  0.818355 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0489  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.91 
 
 
200 aa  219  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.148245  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1537  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  58.62 
 
 
200 aa  219  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.17923  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3068  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  52.31 
 
 
207 aa  219  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.201714  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3054  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.06 
 
 
207 aa  219  3.9999999999999997e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000311725  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3234  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.06 
 
 
207 aa  219  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0374566  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3092  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.06 
 
 
207 aa  219  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388332  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0984  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  57.63 
 
 
202 aa  218  5e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0904  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.31 
 
 
207 aa  218  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000979846  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1095  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  51.76 
 
 
207 aa  218  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000583712  hitchhiker  0.00000378515 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3172  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  52.31 
 
 
207 aa  218  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.64318e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0473  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.31 
 
 
207 aa  218  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000131223  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0480  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.31 
 
 
207 aa  218  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000207695  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3195  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  52.31 
 
 
207 aa  218  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000375799  hitchhiker  0.000337967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>