More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1151 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  100 
 
 
713 aa  1395    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  66.67 
 
 
750 aa  468  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  37.03 
 
 
697 aa  189  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  36.3 
 
 
817 aa  187  6e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.94 
 
 
952 aa  186  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  32.79 
 
 
744 aa  182  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  37.67 
 
 
776 aa  181  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  38.14 
 
 
753 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.43 
 
 
1045 aa  175  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  43.56 
 
 
643 aa  175  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  43.56 
 
 
594 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  34.16 
 
 
591 aa  173  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40 
 
 
616 aa  168  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  34.54 
 
 
765 aa  168  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  39.37 
 
 
754 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  44.84 
 
 
573 aa  167  6.9999999999999995e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  41.35 
 
 
713 aa  163  8.000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 
1039 aa  163  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  43.18 
 
 
1432 aa  160  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  44.05 
 
 
1225 aa  159  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.51 
 
 
579 aa  160  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.13 
 
 
721 aa  159  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  35.43 
 
 
562 aa  159  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  40.48 
 
 
855 aa  158  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.06 
 
 
743 aa  156  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  39.92 
 
 
692 aa  156  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  35.73 
 
 
757 aa  153  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  35.74 
 
 
688 aa  152  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 
1711 aa  150  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  36.57 
 
 
688 aa  150  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  38.34 
 
 
537 aa  150  9e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  33.76 
 
 
574 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  33.67 
 
 
760 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.83 
 
 
585 aa  149  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.97 
 
 
711 aa  149  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  41.13 
 
 
697 aa  148  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  40.96 
 
 
700 aa  147  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  32.44 
 
 
693 aa  144  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.69 
 
 
728 aa  143  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.01 
 
 
618 aa  143  9e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  36.27 
 
 
685 aa  143  9e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.26 
 
 
560 aa  143  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  34.03 
 
 
694 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  33.33 
 
 
743 aa  139  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  38.37 
 
 
709 aa  139  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
676 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  41.06 
 
 
866 aa  138  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.86 
 
 
583 aa  137  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  31.66 
 
 
607 aa  136  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40 
 
 
738 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.09 
 
 
1385 aa  136  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.24 
 
 
1051 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 
1361 aa  135  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2083  PAS/protein phosphatase 2C-like  42.16 
 
 
672 aa  134  7.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  38.62 
 
 
722 aa  133  9e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.66 
 
 
553 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.19 
 
 
1370 aa  133  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  32.09 
 
 
693 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  33.42 
 
 
570 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  45.07 
 
 
1017 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  33.52 
 
 
512 aa  132  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1052  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.86 
 
 
655 aa  130  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.620454  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  32.72 
 
 
865 aa  130  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  37.18 
 
 
851 aa  130  7.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.16 
 
 
1248 aa  130  9.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
583 aa  129  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  40.72 
 
 
529 aa  128  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  36.33 
 
 
453 aa  127  5e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  37.56 
 
 
828 aa  127  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  36.07 
 
 
614 aa  127  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  33.42 
 
 
581 aa  126  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  29.25 
 
 
932 aa  126  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  30.53 
 
 
585 aa  125  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.93 
 
 
549 aa  126  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.62 
 
 
688 aa  126  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  41.46 
 
 
702 aa  125  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  38.91 
 
 
580 aa  124  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  45.88 
 
 
260 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  34.46 
 
 
716 aa  120  6e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 
1390 aa  120  9e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 
1390 aa  120  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.1 
 
 
1332 aa  120  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.29 
 
 
525 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
1390 aa  120  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
607 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.16 
 
 
692 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  34.47 
 
 
730 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.25 
 
 
437 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  32.76 
 
 
547 aa  117  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  42.79 
 
 
738 aa  117  6e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.22 
 
 
576 aa  117  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  37.55 
 
 
956 aa  117  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  41.67 
 
 
528 aa  117  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  40.93 
 
 
538 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2114  anti-sigma-factor antagonist  39.31 
 
 
618 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39314  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  32.11 
 
 
723 aa  116  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  38.5 
 
 
395 aa  114  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.89 
 
 
532 aa  114  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  37.25 
 
 
755 aa  114  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  37.56 
 
 
772 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>