More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1057 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  78.57 
 
 		 492 aa  762    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  85.5 
 
 		 488 aa  781    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  80 
 
 		 485 aa  756    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  84.14 
 
 		 487 aa  776    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  75.94 
 
 		 500 aa  635    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  82.62 
 
 		 495 aa  770    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  82.73 
 
 		 499 aa  731    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  84.19 
 
 		 480 aa  771    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  84.67 
 
 		 496 aa  740    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  79.55 
 
 		 488 aa  732    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  83.41 
 
 		 490 aa  745    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  85.33 
 
 		 485 aa  753    Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  77.73 
 
 		 481 aa  746    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  84.37 
 
 		 479 aa  744    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  69.85 
 
 		 491 aa  668    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  80.77 
 
 		 492 aa  718    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 492 aa  983    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  76.89 
 
 		 491 aa  751    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  83.45 
 
 		 481 aa  736    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  79.22 
 
 		 487 aa  750    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  85.94 
 
 		 495 aa  759    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  83.33 
 
 		 496 aa  751    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  85.28 
 
 		 505 aa  696    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  84.37 
 
 		 479 aa  744    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  74.76 
 
 		 507 aa  695    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  81.11 
 
 		 488 aa  771    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  85.81 
 
 		 500 aa  763    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  79 
 
 		 493 aa  710    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  77.51 
 
 		 491 aa  752    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  82 
 
 		 515 aa  747    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  76.24 
 
 		 485 aa  733    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  79.43 
 
 		 493 aa  731    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  80.58 
 
 		 490 aa  764    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  78.96 
 
 		 493 aa  786    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  84.37 
 
 		 479 aa  744    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  96.75 
 
 		 493 aa  929    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  83.45 
 
 		 481 aa  737    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  84.77 
 
 		 493 aa  731    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  64.78 
 
 		 427 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  63.03 
 
 		 405 aa  458  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  62.01 
 
 		 403 aa  458  9.999999999999999e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  62.18 
 
 		 418 aa  454  1.0000000000000001e-126  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  62.46 
 
 		 407 aa  425  1e-118  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  53.87 
 
 		 529 aa  396  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  61.63 
 
 		 411 aa  376  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.96 
 
 		 672 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.5 
 
 		 736 aa  335  1e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.66 
 
 		 676 aa  334  2e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  51.94 
 
 		 677 aa  334  2e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  49.25 
 
 		 678 aa  331  2e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.16 
 
 		 654 aa  318  1e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.98 
 
 		 411 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.46 
 
 		 400 aa  300  4e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.55 
 
 		 403 aa  291  1e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  41.58 
 
 		 568 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  41.58 
 
 		 568 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  41.58 
 
 		 568 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  45.67 
 
 		 560 aa  290  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  45.78 
 
 		 560 aa  289  7e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  44.03 
 
 		 705 aa  288  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.22 
 
 		 661 aa  288  2e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  41.33 
 
 		 604 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  42.56 
 
 		 557 aa  286  4e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  43.02 
 
 		 382 aa  286  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  44.13 
 
 		 563 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  41.39 
 
 		 573 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 589 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  44.13 
 
 		 563 aa  285  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 558 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  43.27 
 
 		 559 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 577 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 570 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  45.05 
 
 		 571 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 576 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  45.4 
 
 		 557 aa  283  5.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  38.74 
 
 		 566 aa  283  5.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 		 570 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 570 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 570 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 576 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 576 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 576 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  46.27 
 
 		 556 aa  282  9e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  40.85 
 
 		 596 aa  281  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  40.5 
 
 		 597 aa  281  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 		 564 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 562 aa  280  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.21 
 
 		 415 aa  280  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 		 564 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 		 382 aa  281  3e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 562 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 562 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>