146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0942 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0942  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
208 aa  409  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0072348  normal  0.323203 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5600  TetR family transcriptional regulator  60.67 
 
 
279 aa  200  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0144285  hitchhiker  0.006631 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2581  regulatory protein, TetR  51.3 
 
 
197 aa  181  7e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1797  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
197 aa  169  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000197435  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2776  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 
197 aa  169  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.832438  hitchhiker  0.000578318 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6683  putative transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 
188 aa  157  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0648274  normal  0.237194 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4591  regulatory protein, TetR  51.19 
 
 
200 aa  145  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0937227  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5414  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 
192 aa  142  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0653448  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0303  transcriptional regulator, TetR family  42.93 
 
 
200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00708396  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33280  transcriptional regulator  42.71 
 
 
212 aa  128  6e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.815894  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2773  TetR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
191 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.704113  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0242  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 
208 aa  125  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.156746 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3760  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
192 aa  121  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.348424  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1957  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12279  transcriptional regulator  36.7 
 
 
189 aa  111  9e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000321459  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3373  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.946701  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3435  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0970833  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3384  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4838  regulatory protein TetR  38.38 
 
 
211 aa  103  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0220923  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0106  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 
227 aa  82  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3721  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 
200 aa  77.4  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.522362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5157  putative transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 
233 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.23435  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4373  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
229 aa  70.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.335963  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0059  TetR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
197 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.227701 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1490  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
210 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1512  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
210 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1488  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
210 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0855  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
196 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179371  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1317  regulatory protein TetR  29.88 
 
 
232 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0686  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
197 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.863349  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0699  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
197 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.682068  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0679  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
197 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.192454  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3793  regulatory protein TetR  32.91 
 
 
207 aa  52.8  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
197 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  20.35 
 
 
190 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1775  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 
255 aa  51.2  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
236 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0991  TetR family transcriptional regulator  20.35 
 
 
190 aa  50.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
202 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3892  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3966  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.497396 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14850  transcriptional regulator  29.05 
 
 
224 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3878  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  20.35 
 
 
190 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  20.35 
 
 
190 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1685  transcriptional regulator  37.65 
 
 
197 aa  50.1  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  19.19 
 
 
190 aa  49.7  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  20.35 
 
 
190 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  20.35 
 
 
190 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  20.35 
 
 
190 aa  49.3  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2304  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
225 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4624  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
197 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  19.77 
 
 
190 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0521  regulatory protein TetR  58.54 
 
 
188 aa  48.5  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.368507  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4342  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
218 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0243053 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  19.77 
 
 
190 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  19.77 
 
 
190 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
207 aa  48.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
207 aa  48.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3311  putative transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 
192 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4086  putative transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 
237 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1697  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 
230 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
211 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5207  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
216 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5295  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
216 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.334601  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5587  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
216 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.214408 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 
210 aa  46.2  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3148  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
231 aa  45.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.647957  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3190  TetR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
202 aa  46.2  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.0000000548437  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0969  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
195 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.610377  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
213 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3036  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
196 aa  46.2  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 
209 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 
203 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
213 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
228 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
183 aa  45.8  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
228 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
228 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2332  regulatory protein, TetR  34.35 
 
 
204 aa  45.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4502  putative transcriptional regulator, TetR family  52.08 
 
 
249 aa  45.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0746  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 
193 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0760  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 
193 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.650224  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0740  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 
193 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156291  normal  0.856133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 
215 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0164  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
208 aa  45.1  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 
192 aa  45.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3333  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 
211 aa  45.1  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.618946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4740  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 
196 aa  45.1  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.609223  normal  0.406356 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2374  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
191 aa  45.1  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5272  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 
195 aa  45.1  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3813  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 
222 aa  45.1  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0327168  normal  0.449726 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  24.24 
 
 
222 aa  45.1  0.0009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 
214 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5768  putative transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 
239 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.51365  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 
209 aa  44.7  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3008  putative transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 
203 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
228 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
214 aa  43.5  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>