62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0909 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  100 
 
 		 221 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4638  protein of unknown function DUF955  38.14 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2058  protein of unknown function DUF955  37.56 
 
 		 227 aa  105  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000868136  normal  0.0120783 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  30.6 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  30.38 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  30.56 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0050  protein of unknown function DUF955  28.95 
 
 		 160 aa  57.8  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000733414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  32.02 
 
 		 175 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  29.92 
 
 		 349 aa  54.7  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6746  hypothetical protein  29.19 
 
 		 295 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0551  hypothetical protein  31.15 
 
 		 294 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  28.39 
 
 		 359 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  32.8 
 
 		 355 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2215  hypothetical protein  31.91 
 
 		 171 aa  53.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00779528  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  31.67 
 
 		 376 aa  51.6  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1373  hypothetical protein  35 
 
 		 269 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0476075  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0443  hypothetical protein  31.09 
 
 		 170 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  34.23 
 
 		 283 aa  50.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  30.36 
 
 		 156 aa  49.7  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  28.16 
 
 		 173 aa  48.9  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  27.48 
 
 		 388 aa  48.5  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  28.47 
 
 		 177 aa  48.5  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4244  hypothetical protein  30.77 
 
 		 261 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0868  hypothetical protein  22.29 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4791  hypothetical protein  31.13 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0852  hypothetical protein  22.29 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0887  hypothetical protein  31.25 
 
 		 168 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102968  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  33.06 
 
 		 375 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  29.6 
 
 		 352 aa  46.2  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  33.94 
 
 		 410 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  34.51 
 
 		 169 aa  46.2  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  33.68 
 
 		 391 aa  45.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  35.05 
 
 		 270 aa  45.4  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  33.68 
 
 		 391 aa  45.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2878  hypothetical protein  29.2 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1121  hypothetical protein  29.59 
 
 		 267 aa  45.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000113456 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0229  hypothetical protein  29.2 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 366 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4601  hypothetical protein  25.58 
 
 		 255 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  33.67 
 
 		 347 aa  43.9  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  25.58 
 
 		 255 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  32.08 
 
 		 284 aa  43.5  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  26.56 
 
 		 378 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5156  hypothetical protein  27.56 
 
 		 292 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.40571  normal  0.261763 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 396 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  30.97 
 
 		 395 aa  43.5  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  33.33 
 
 		 349 aa  43.1  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.51 
 
 		 362 aa  43.1  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0651  hypothetical protein  34.58 
 
 		 215 aa  43.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1505  hypothetical protein  32.08 
 
 		 383 aa  42.7  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  23.84 
 
 		 367 aa  43.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  23.97 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  31.11 
 
 		 182 aa  42.7  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1747  protein of unknown function DUF955  22.82 
 
 		 381 aa  43.1  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 356 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  31.58 
 
 		 129 aa  42  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.64 
 
 		 366 aa  42  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1546  hypothetical protein  32.1 
 
 		 277 aa  42  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.799825 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2477  protein of unknown function DUF955  32.17 
 
 		 384 aa  42  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.204932  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  28.99 
 
 		 415 aa  41.6  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  29.09 
 
 		 377 aa  41.6  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>