197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0852 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  100 
 
 
451 aa  926    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  71.02 
 
 
447 aa  661    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  52.55 
 
 
448 aa  466  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  51.26 
 
 
466 aa  450  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
401 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.1 
 
 
404 aa  87  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.83 
 
 
409 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.22 
 
 
407 aa  85.1  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.83 
 
 
409 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
410 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.83 
 
 
407 aa  80.5  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
409 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
406 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.57 
 
 
415 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.27 
 
 
413 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  29.91 
 
 
406 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
410 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
406 aa  77  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
406 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25.2 
 
 
410 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
381 aa  74.7  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
411 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.93 
 
 
395 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  23.23 
 
 
408 aa  73.6  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
406 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
410 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
394 aa  71.2  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
411 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  29.95 
 
 
415 aa  68.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.04 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  25.48 
 
 
410 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  23.68 
 
 
406 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.62 
 
 
419 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  23.83 
 
 
403 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
411 aa  67  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  24.37 
 
 
409 aa  66.6  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  23.8 
 
 
403 aa  66.6  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
405 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 
406 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.07 
 
 
410 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
403 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  39.09 
 
 
378 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  24.08 
 
 
402 aa  63.9  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
406 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
407 aa  63.5  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
436 aa  63.5  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2537  hypothetical protein  24.33 
 
 
385 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00283871  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  26.84 
 
 
386 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.89 
 
 
392 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  23.36 
 
 
442 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
411 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
435 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 
418 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
409 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
411 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.48 
 
 
399 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8308  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.23 
 
 
561 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.643873 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
412 aa  60.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  23.21 
 
 
402 aa  60.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.59 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 
406 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4455  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.05 
 
 
417 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0616202  normal  0.0186598 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3289  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.59 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1838  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.59 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0057  putative ABC transporter, substrate-binding protein  46.59 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0056  putative ABC transporter, substrate-binding protein  46.59 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2714  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.59 
 
 
419 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.395305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0270  hypothetical protein  45.45 
 
 
419 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494992  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 
382 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  33.85 
 
 
379 aa  58.9  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  31.46 
 
 
438 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
398 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
392 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
385 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
385 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
441 aa  57.4  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  41.89 
 
 
377 aa  57  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
408 aa  57  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
383 aa  57  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  39.76 
 
 
407 aa  56.6  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  23.06 
 
 
405 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  29.31 
 
 
434 aa  56.2  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  22.06 
 
 
417 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  36.19 
 
 
400 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
425 aa  55.5  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  30.86 
 
 
438 aa  54.7  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  28.1 
 
 
419 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
386 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
411 aa  55.1  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  33.33 
 
 
422 aa  53.9  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  28.66 
 
 
454 aa  53.9  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4735  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.42 
 
 
450 aa  54.3  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.96581  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
375 aa  53.9  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3394  hypothetical protein  31.25 
 
 
407 aa  53.9  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
411 aa  53.5  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  21.88 
 
 
377 aa  53.5  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  22.92 
 
 
425 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
407 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  34.31 
 
 
398 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>