More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0827 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  93.37 
 
 		 335 aa  640    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  100 
 
 		 334 aa  700    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  68.67 
 
 		 334 aa  504  9.999999999999999e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  71.47 
 
 		 334 aa  501  1e-141  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  69.58 
 
 		 334 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  68.07 
 
 		 332 aa  479  1e-134  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  66.57 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  56.39 
 
 		 382 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  54.73 
 
 		 383 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  54.63 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  55.82 
 
 		 389 aa  385  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.62 
 
 		 338 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.62 
 
 		 338 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  55.22 
 
 		 389 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.94 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  53.85 
 
 		 340 aa  380  1e-104  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  53.75 
 
 		 337 aa  381  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  54.63 
 
 		 338 aa  374  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.33 
 
 		 386 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  54.93 
 
 		 388 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  53.09 
 
 		 402 aa  372  1e-102  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  52.62 
 
 		 366 aa  370  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  50.3 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  50.3 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  50.3 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  50.3 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  48.43 
 
 		 336 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  50.3 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  49.26 
 
 		 369 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  50.3 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  51.23 
 
 		 383 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  49.55 
 
 		 386 aa  364  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.55 
 
 		 386 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  49.55 
 
 		 386 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  49.55 
 
 		 386 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50 
 
 		 381 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.25 
 
 		 386 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  48.37 
 
 		 387 aa  360  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  48.35 
 
 		 386 aa  358  7e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.23 
 
 		 387 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.35 
 
 		 386 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.93 
 
 		 384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  48.65 
 
 		 386 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.41 
 
 		 387 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.41 
 
 		 387 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  50.93 
 
 		 371 aa  355  5e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.62 
 
 		 387 aa  355  5e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  47.63 
 
 		 384 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  48.52 
 
 		 388 aa  352  4e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.62 
 
 		 384 aa  352  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  51.24 
 
 		 371 aa  352  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  47.34 
 
 		 384 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  51.04 
 
 		 336 aa  348  7e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  49.1 
 
 		 377 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 		 371 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  48.92 
 
 		 372 aa  341  9e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  46.63 
 
 		 382 aa  339  4e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  49.69 
 
 		 392 aa  335  7e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  48.29 
 
 		 382 aa  334  1e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  45.54 
 
 		 367 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  45.54 
 
 		 367 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  46.77 
 
 		 336 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  42.9 
 
 		 332 aa  295  6e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  43.99 
 
 		 332 aa  293  3e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  42.73 
 
 		 332 aa  289  6e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  40.61 
 
 		 333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  40.98 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  40.75 
 
 		 332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.08 
 
 		 332 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  40.76 
 
 		 331 aa  264  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  56.92 
 
 		 157 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.93 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28 
 
 		 387 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  28.92 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  30.27 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.67 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 407 aa  72.4  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  24.22 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1293  radical SAM domain-containing protein  32.43 
 
 		 446 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000719157  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4537  Radical SAM domain protein  34.06 
 
 		 391 aa  69.3  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  29.03 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  25.48 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 		 399 aa  67  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  26.42 
 
 		 379 aa  66.6  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1760  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.07 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2045  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.59 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.990495  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  30.08 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  32.17 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 405 aa  62.4  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  23.2 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  24.07 
 
 		 1002 aa  60.8  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1725  Radical SAM domain protein  28.19 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000123553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>