More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0660 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
406 aa  786    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  75.25 
 
 
409 aa  533  1e-150  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  53.42 
 
 
403 aa  323  5e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  51.53 
 
 
406 aa  268  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  51.81 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  50.42 
 
 
373 aa  237  3e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  30.92 
 
 
398 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  34.08 
 
 
409 aa  138  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  31.4 
 
 
398 aa  138  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  34.68 
 
 
413 aa  135  9e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  27.25 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  31.89 
 
 
393 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  32.1 
 
 
393 aa  133  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  35.53 
 
 
419 aa  127  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  33.25 
 
 
423 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  31.7 
 
 
425 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  33.51 
 
 
423 aa  123  5e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  31.76 
 
 
426 aa  121  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 
430 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  30.19 
 
 
434 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 
393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  32.18 
 
 
424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  33.16 
 
 
445 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  31.2 
 
 
423 aa  112  9e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.89 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  30.16 
 
 
457 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  31.87 
 
 
434 aa  110  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  30.68 
 
 
418 aa  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  31.21 
 
 
440 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  30.68 
 
 
431 aa  103  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  31.3 
 
 
430 aa  103  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  30.88 
 
 
431 aa  102  8e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  30.95 
 
 
435 aa  102  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 
382 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  30.73 
 
 
416 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.75 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  30.1 
 
 
424 aa  98.2  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  32.78 
 
 
421 aa  98.6  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.94 
 
 
375 aa  97.1  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  26.92 
 
 
370 aa  97.1  5e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 
443 aa  96.7  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  25.37 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  31.36 
 
 
418 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  30.1 
 
 
362 aa  93.6  6e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  30.05 
 
 
414 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.31 
 
 
378 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  33.71 
 
 
429 aa  92  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  33.05 
 
 
466 aa  92  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  31.56 
 
 
436 aa  90.9  3e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  30.3 
 
 
408 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  28.27 
 
 
411 aa  90.9  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  33.15 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  30.61 
 
 
443 aa  90.1  6e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  28.66 
 
 
431 aa  89.7  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  30.49 
 
 
400 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  33.01 
 
 
367 aa  89  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 
406 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.29 
 
 
400 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 
406 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  29.65 
 
 
444 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.99 
 
 
385 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.73 
 
 
384 aa  87  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  33.63 
 
 
425 aa  86.7  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0114  FAD dependent oxidoreductase  26.65 
 
 
399 aa  85.9  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00154267  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  26.11 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  30.82 
 
 
435 aa  85.1  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  26.51 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  30.46 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.63 
 
 
396 aa  84  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.43 
 
 
379 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  25.86 
 
 
391 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1945  geranylgeranyl reductase  30.5 
 
 
398 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  28.69 
 
 
384 aa  81.3  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  28.32 
 
 
420 aa  81.3  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  28.13 
 
 
374 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  25.41 
 
 
390 aa  80.9  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  29.24 
 
 
398 aa  80.9  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  27.32 
 
 
407 aa  80.5  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  25.94 
 
 
368 aa  80.1  0.00000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  28.52 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  30.98 
 
 
376 aa  79.7  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  29.02 
 
 
394 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.76 
 
 
376 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  29.02 
 
 
394 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  27.11 
 
 
373 aa  79  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  31.92 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  23.28 
 
 
387 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.35 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  30.9 
 
 
415 aa  79  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 
379 aa  77.8  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  25.48 
 
 
406 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.97 
 
 
401 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  31.27 
 
 
420 aa  77  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  31.02 
 
 
358 aa  77  0.0000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  24.59 
 
 
418 aa  76.6  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  27.44 
 
 
390 aa  76.6  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  25.77 
 
 
390 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>